אתר גילת מיושב היה בתקופה הכלקוליתית ותרבותו היא תרבות "באר שבע". החוקרים סוברים שהיה זה יישוב מרכזי ואלי אף מרכז גדול, שתושביו התקיימו על חקלאות של דגנים, וגידול צאן. לצאד מלאכה ומסחר.
באתר נחפרו שני שטחים עיקריים ובהם הובחנו עד כ 9 מפלסי חיים. בשטח א' מפלס 4 נחשף בחלקו בניין שהחופר נוטה לזהותו כשריד של מקדש כלקוליתי.
בבניין זה נתגלו מספר חפצים בעלי אופי פולחני מובהק: מקטר בזלת, אבני מצבות, ראשי אלות מחומר קריסטליני, וכלים מהמטיט. מיוחדים הם שני פסלוני טין צבועים בצורות שונות.
נראה שהאתר ניטש או נהרס כתוצאה מחורבן אלים - חורבן ששרידיו ניכרים בשכבות אפר המכסים את שני מפלסיו העליונים של האתר