בין החודשים יולי- דצמבר 2007 נערכה בנמל יפו חפירת הצלה מטעם רשות העתיקות בהנהלתו של כותב שורות אלה מטעם רשות העתיקות ובמימון עיריית תל-אביב-יפו, המשלמה ומנהלת נמל יפו. חפירה זו בוצעה בעקבות תכנון של טיילת לאורך הנמל ולתכנון העברת תשתיות תת-קרקעיות בנמל. (ר' חדשות ארכיאולוגיות 121 http://www.hadashot-esi.org.il/report_detail.asp?id=1184&mag_id=115)
בתקופה המנדטורית בשנים 1935-36 שינה נמל יפו את מתארו ויופיו. רציפו המבוטן היטב כפי שאנו מכירים אותו היום יחד עם שובר הגלים המודרני שנבנה מעל גבי רכס השונית בים הוא פרי עבודתם של הבריטים בשנים הללו. הבריטים ניסו להפוך את נמל יפו לנמל מים עמוקים על כן הרחיבו את הנמל למערב על-ידי ייבושו של הים ובניית הרציף בגבולו המערבי. במסגרת עבודות אלה הם אף העמיקו את הנמל. במהלך החפירה הנדונה לאורך הרציף מהכניסה הצפונית לנמל ועד להאנגר 1 מדרום נחשפו מספר חומות של נמל יפו למן התקופה הצלבנית ועד לתקופה המנדטורית.
החומה העות'מאנית נחשפה לכל אורכה בקטע שבין גבולו הדרומי של בית המכס המנדטורי (המבנה בו פעילים כיום צופי ים) ועד להאנגר 1 בדרום. אבני החומה הם אבני גזית מכורכר כשבנדבכים התחתונים של החומה השתמשו באבני גזית גדולות יותר וארוכות יותר. החומה אינה מתמשכת בקו ישר אלא מתארה מצפון לדרום הוא קעור גובה ההשתמרות של החומה הוא לפחות 2 מ' מעל לקו המים. בחלק הדרומי החומה הגיע עד למצודה העות'מאנית הימית ( איור 1). החומה ביטלה מצודה ימית ככל הנראה מהתקופה הצלבנית. את החומה והמצודה העות'מאנית ניתן לראות מתנשאת לשיא גובהה לפחות עד שנת 1875 בתמונתו המופלאה והיפיפייה של הצלם הצרפתי הנודע פליקס בונפיס מאותה שנה, שצילם את נמל יפו מדרום-מערב .
מעל לחלק מחומה זו בחלק הצפוני של הנמל ולאחר שבוטלה היכן שהוא בסוף התקופה העות'מאנית שנות ה80-90 של המאה ה-19 נבנה בית המכס העות'מאני שאף את קירו הדרומי חשפנו בחפירה (איור 2) ואת פינתו המעוגלת בדרום.
במרכז הרציף מדרום לצופי ים, ועל גבי החומה העות'מאנית (חלקה העליון הוסר היכן שהוא בסוף המאה ה-19 ) נחשף גרם מדרגות רחב הבנוי ארבע מדרגות ואבן שפה שלא השתמרה ( ראה איור 3). המדרגה התחתונה רחבה יותר משאר המדרגות. תחת המדרגה התחתונה קבועה בקיר קורת ברזל ארוכה. גרם המדרגות אחוז הן בצפון והן בדרום באומנות בנויות (אומנה צפונית ואומנה דרומית). המדרגות נבנו ככל הנראה בתקופה המנדטורית 1917. ניתן לראות בגרם המדרגות הנ"ל שהוא הגדול ביותר שנחשף בנמל כ"שער הים" שדרכו עלו האנשים אל יפו והסחורות הגדולות שפרקו במקום מספינות מפרש בינוניות בגודלן אך גדולות יותר מסירות משוטים שהיו שכיחות בנמל . ממזרח לגרם המדרגות נחשפה חומה נוספת ככל הנראה אף היא שייכת לתקופה העות'מאנית.
תרומת החפירה הנוכחית בנמל היא חשיפת מתארו הכמעט שלם של נמל יפו בתקופה העות'מאנית תוך ניסיון של ניתוח השלבים השונים שקדמו לו עד לתקופה הצלבנית. התובנה הבסיסית היא שעם התקדמות השנים והתקופות עד ל1935/6 התקדמו בבניה למערב אל תוך הים כשקו המים בתקופה הצלבנית היה קרוב יותר לקו הבניינים בנמל.