גביניוס, נציב סוריה בשנים 55-57 לפנה"ס נקשר כעדות מטבעות העיר, המכונה לשעה "גביניה", בהקמתה וייסודה מחדש של ניסה-סקיתופוליס. מיקומה של העיר נודד עתה שנית, הפעם מהתלים המוגנים שבצפונה לאגן נחל עמל שלמרגלות התל והגבעות הסובבות אותו, מהלך שיש לראות בו מפירות ה"שלום הרומי" ותחושת הביטחון שהוענקה לתושבי הפרוביקניה. העדויות לקיומה של העיר בפרק זמן זה עולות לפי שעה רק ממטבעות וחרסי התקופה ובשרידים שנחשפו אין די להכרת תכנית העיר. לעומת זאת עולה ומתעצבת תכנית מרכזה הציבורי של העיר מהמחצית הראשונה של המאה הא' לספירה.
במרכזה הציבורי של העיר עמדה האגורה (20) המשמשת כמרכז תכניתה האורבנית. האגורה כללה בדרום-מזרחה טמנוס שהכיל שני מקדשים (22, 23) ובצפון-מזרחה בסיליקה (19). מדרום לה נבנה בראשית המאה תיאטרון ששרידי שני שלביו, שהשני שבהם תוארך לימיו של טיבריוס, נמצאו מתחת ליסודות התיאטרון המאוחר, תאטרון שנבנה על גביו בימי ספטימיוס סוורוס. לצדה המזרחי של האגורה הותקן רחוב מרוצף לוחות בזלת שרוחבו 12 מ' המוביל מצפון אל מתחם המקדשים. מעדות החפירות עולה כי בתוואי מקורב לרחוב פלאדיוס שממערב לאגורה נמצא רחוב נוסף ונראה כי הכניסה הצפונית-מערבית לעיר המגיעה מקיסריה כבר הייתה בשימוש בפרק זמן זה. ממזרח לאגורה נמצאו שרידי בית מרחץ ולמרגלות התל נמצאו שרידי חנויות ורחוב נוסף. נראה אם כן כי במהלך המאה א' לספירה כבר גובשה בייסודו של דבר תכניתה האורבנית של ניסה-סקיתופוליס, תכנית שבמהלך המאה הב' לספירה זכתה בפארה המונומנטלי.
על אף שמקורות התקופה מעורפלים באשר לתולדותיה של ניסה-סקיתופוליס בפרק זמן זה נראה כי נכללה בשטחים שהוענקו על ידי אנטוניוס לקלאופטרה. יחד עם זאת העיר לא הייתה בן הערים שסופחו על ידי אוקטביאנוס לממלכתו של הורדוס והמשיכה על כן להיכלל בפרובינקיה סוריה. נראה כי הקמתה של קיסריה כעיר נמל מרכזית ומקומה של ניסה-סקיתופוליס בצומת דרכים אזורי המחבר את ערי החוף עם דמשק מחד גיסא וערי עבר הירדן, על מערכת המסחר הענפה שבתחומן, עם קיסריה מאידך גיסא הקנו אז לעיר משנה חשיבות, בטחון ושגשוג כלכלי. אלה הופרו לשעה באירועי הטבח שנערך ביהודי העיר, בעקבות מאורעות קיסריה באוגוסט/ספטמבר 66 לספירה (מלחמת היהודים ב 468-458), אירוע שבעקבותיו הוצבה יחידת פרשים בפיקודו של ניאופוליטנוס להגנתה. לאחר מצור יודפת נשלח הלגיון החמישה עשר בידי אספאסיאנוס לנוח בסמוך לעיר, קרוב לודאי במחנה הלגיון בתל שלם. אי השקט ששרר בארץ בשנים שקדמו למרד בר-כוכבא הביאו בין השנים 120-117 לספירה לשדרוג מעמדה של יהודה, שניסה-סקיתופוליס נכללת עתה בתחומה, לדרגת פרובינקיה קונוסולארית. כתוצאה מכך הוצב לגיון נוסף בתחומה ומפקדתו נקבעה בכפר עותנאי/לגיו שבשולי עמק יזרעאל, על אם הדרך מניסה-סקיתופוליס לקיסריה.
סיפוח הממלכה הנבטית, הקמת בוצרה כבירת הפרובינקיה ערביה וסלילת הויא נובה טריאנה, מפירות מדיניותו המזרחית של טריאנוס, המשיכו וחזקו את מעמדה של סקיתופוליס והעניקו משנה חשיבות למיקומה על צומת דרכים מרכזי בין המזרח ונמלי החוף. באביב שנת 130 ביקר הדריאנוס בעיר והתקבל על ידי מושל הפרובינקיה, טיניוס רופוס, כעולה ממספר כתובות שנמצאו במתחם מקדשי האגורה. הביקור מהווה המשך ישיר למדיניותו האזורית של קודמו, התבטא בארגונה המנהלתי והצבאי של הפרובינקיה וכלל בין השאר גם את שכלולה של רשת הדרכים המסועפת באזור. דיכוי מרד בר-כוכבא והשכנת השקט בפרובינקיה הביא בעקבותיו להקמת שער ניצחון בשם הסנאט והעם הרומי בתחומה של העיר, קרוב לודאי במחנה הלגיון בתל שלם שמדרום לעיר.
ניסה-סקיתופוליס נמצאה עתה על סף תקופת שגשוג והיא מגיעה לשיא פריחתה. אף כי ראשיתה של פריחה זו מיוחסת להדריאנוס הרי פרות השגשוג הבשילו בעיקר תחת יורשיו אנטונינוס פיוס ומרקוס אורליוס. לתקופת פריחה זו יש ליחס גם את פתיחת מחצבות הגלבוע שמכאן ואילך היו למקורות אבן הגיר שהרכיבו את מבניה המונומנטליים של העיר שעוצבה בפרק זמן זה בפאר רב.