"והיה כי יביאך השם אל הארץ אשר אתה בא שמה לרשתה ונתתה את הברכה על הר גריזים ואת הקללה על הר עיבל הלא המה בעבר הירדן אחרי דרך מבוא השמש בארץ הכנעני הישב בערבה מול הגלגל אצל אלוני מרה" (דברים יא, כט-לב)
תאור זה גרם לרבי אליעזר (בירושלמי סוטה ז, ג) לומר שאין הכוונה להר גריזים והר עיבל שבשומרון, אלא לשתי גבשושיות שמצאו היהודים בבקעת הירדן בהיכנסם לארץ לזה קראו הר גריזים ולזה הר עיבל. בנוסח השומרוני לפסוקים אלה כתוב מול הגלגל אצל אלון מורה מול שכם .
דבריו של רבי אליעזר הם הד לוויכוח התיאולוגי הקשה שהתנהל בין השומרונים ליהודים הן בארץ ישראל והן בתפוצות ובעיקר במצרים בתקופה ההלניסטית ובתקופה הרומית. ייסודו המחלוקת על קדמות וקדושת ירושלים והר גריזים המשכו בוויכוח על התורה והמקומות הקדושים וסופו מלחמה וחורבן המקדש בהר גריזים. 

בשת 1982 החלו החפירות הארכיאולוגיות בהר גריזים ונמשכו ברציפות 22 שנים. החפירות בהר גריזים העלו נתונים מדעיים חדשים שאפשרו לפתור סוגיות היסטוריות וארכיאולוגיות רבות שנים ורבות מחלוקות שהעסיקו ופרנסו חוקרים רבים מראשית המאה העשרים .
ביסוד המחלוקות עמדו דבריו של יוסף בן מתתיהו שטען שהמקדש על הר גריזים נבנה בידי סנבלט שחי בזמנו של אלכסנדר מוקדון והוא נבנה בתבנית המקדש בירושלים.
היום ניתן לומר בוודאות שהשלב הראשון של המקדש בהר גריזים הוקם באמצעות המאה החמישית לפנה"ס בידי סנבלט החורוני בן דורם של עזרא ונחמיה, שחי למעלה ממאה שנה קודם לסנבלט שנזכר אצל יוסף בן מתתיהו.
סנבלט של ימי נחמיה היה ככל הנראה תושב היישוב חוורה (חורון) הנמצא למרגלות הר גריזים הוא מצאצאי שארית הפלטה הישראלית שנותרה בשומרון לאחר חורבן העיר בידי האשורים.
סנבלט היה יריבו הקשה ומבקש נפשו של נחמיה, שעלה ליהודה מהגולה בשנת 445 לפנה"ס אבל היו לו יחסים טובים עם אנשי יהודה ועם הכהונה הגדולה ששרתה במקדש בירושלים.
בתו של סנבלט נישאה לנכדו של הכהן הגדול אלישיב דבר שעורר את זעמו של נחמיה, וסילק אותו מירושלים: "ומבני יהוידע בין אלישיב הכהן הגדול חתן לסנבלט החרני ואבריחו מעלי" (נחמיה יג כח).  
סנבלט החורוני שהיה פחת - מושל שומרון מטעם האימפריה הפרסית - החליט לבנות מקדש לאל עליון על הר גריזים, שהיה מקודש הן בעיני אנשי שומרון והן בעיני אנשי יהודה, ובכך לנתק כל קשר לירושלים ולמקדשה. הוא החליט להשיא את בתו לנצר של הכהונה הגדולה בירושלים ובכך להפוך את זרעו אחריו לכהנים מן העדית של הכהונה הירושלמית. נראה שיחד עם נכדו של אלישיב הכהן הגיעו להר גריזים כהנים יהודים נוספים שבנו את המקדש בהר גריזים בתבנית המקדש בירושלים, ושימשו בקודש.
ראוי להזכיר שמצב הכהונה והמקדש בירושלים בתקופה זו היה בהכי רע וכך אומר נחמיה: "ואדעה כי מניות הלווים לא נתנה ויברחו איש לשדהו הלווים והמשוררים עשי המלאה. ואריבה את הסגנים ואמרה מדוע נעזב בית האלוהים" (נחמיה יג י-יא). גם הנביא מלאכי שאותו יש לתארך לאותה תקופה אומר דברים קשים על המקדש ועל ההתנהלות שלו:  "הכהנים בוזי שמי, מי גם בכם ויסגור דלתיים ולא תאירו מזבחי חנם" (מלאכי א, י) ובהמשך הוא מאשים אותם שאפילו את הפחה שלכם אתם מכבדים יותר מאלוהים. עקב המצב הקשה ששרר במקדש לא היה קשה אפוא לסנבלט לקבץ אצלו במקדש בהר גריזים כהנים יהודים, שהיו חסרי פרנסה. יוסף מוסיף שסנבלט נתן להם מגרשים ובנה להם בתים. זו לדעתנו הסיטואציה ההיסטורית שבגינה נבנה המקדש בהר גריזים.

המסורת השומרונית רואה את הדברים אחרת. במקום שנאמר בספר דברים מקום אשר יבחר לשכן שמו שם נאמר בתורה השומרונית מקום אשר בחר – את הר גריזים על הר גריזים ולא על הר עיבל (לפי התורה היהודית) נבנה המזבח בידי יהושע. על הר גריזים נבנה המשכן המקורי ולא בשילה לפי האמונה היהודית שבו שירת פנחס הכהן והיה מקום עלייה לרגל של כל שבטי ישראל.
בסוף ימיו של עוזי הכהן ארעה הסתרת הפנים כיבוי אש התמיד במשכן והעלמות כלי הקודש, שהוסתרו במערה בהר גריזים. הכלים יתגלו כאשר יבוא המשיח – התהב ואז תחל תקופת הרצון .   
על סמך החפירות הארכיאולוגיות מתברר, שעל הר גריזים נבנו שני מקדשים הראשון במאה החמישית לפנה"ס והשני, גדול יותר, בראשית המאה השנייה לפנה"ס. מסביב למקדש הוקמה עיר גדולה ששטחה למעלה מ - 400 דונם ושאוכלסה בלמעלה מעשרת אלפים איש. זו הייתה עיר שרוב תושביה היו כהנים שהקפידו על טומאה וטהרה ובעיקר טומאת נוכרים, הציווי לא תעשה לך פסל וכל מסכה. כהנים אלה מילאו את כל חוקי התורה כלשונם. התורה החמירה מאוד עם כהנים בשל טהרת המקדש לפעמים אפילו בעונש כרת. אין לנו ספק שבידי הכהנים ששרתו בקדש בהר גריזים היו חמישה חומשי תורה, בתקופה הפרסית או בראשית התקופה ההלניסטית.
בחפירות נתגלו כארבע מאות אלף עצמות קורבנות שכללו את בעלי החיים שהקריבו, על-פי התורה, כבשים, עזים, מעט פרות ותורים - בני-יונה לאלה שידם לא הייתה משגת להביא כבש לעולה.
בחפירות נתגלו כשבעה-עשר אלף מטבעות זהב, כסף וברונזה, אלפי כלי חרס, כלי אבן, כלי נחושת כסף וזהב.

עוצמתו של המקדש במאה השנייה לפנה"ס שלא נפל בגודלו ובחשיבותו מזה של ירושלים, ושקודש בידי האוכלוסייה השומרונית בשומרון ובתפוצות, בעיקר במצרים, גררה מאבק קשה בין יהודים לשומרונים. בתחילה כאמור החל כויכוח תיאולוגי על הר גריזים והר המוריה ועל המקומות הקדושים ובסוף המאה השנייה לספירה הביא למלחמה קשה בין החשמונאים לשומרונים. יוחנן הורקנוס צר על הר גריזים ושרף את העיר עד היסוד. בכל בית נתגלתה שכבת שרפה עבה ומטבעות רבות של יוחנן הורקנוס ובנו ינאי.
יום חורבן הר גריזים, כ"א בכסלו, הפך ביהדות ליום טוב שאסור בו מספד.
למרות החורבן המשיכו השומרונים להתגורר מסביב הר גריזים ולקדש אתו למרות העובדה שנמנע מהם לעלות ולהתפלל עליו. רק במאה הרביעית לספירה, כארבע מאות שנה לאחר חורבנו, איפשרו השליטים הביזאנטים  לשומרונים לחדש את המתחם אבל זאת רק לזמן קצר. בשנת 484 לספירה הרס הקיסר הביזאנטי זנון את מה שנותר מן המתחם ובנה עליו כנסייה על שמה של מאריה יולדת האל-תיאוטוקוס .