אתר הטבילה נמצא בחלקו הדרומי של הירדן. בקטע זה נמצאים השיפועים התלולים ביותר (0.9%). ככל שיורד מפלס ים המלח מתחזקת ההתחתרות של הירדן לאחור, דבר הגורם להעמקת הערוץ. מי הנחלים באזור זה של הירדן, מגיעים מכיוון מערב ואובדים בתוך המלחה המתפתחת מצפון לים המלח.

בשנים האחרונות, ירדה מאוד כמות המים הזורמת בירדן, והמים מורכבים בעיקר ממי שפכים המגיעים מבריכות הדגים ומים חוזרים מהשקיית השדות, דבר ההופך את הירדן לתעלת שפכים.

בסמוך לאתר הטבילה ומערבית לו נמצאים מעיינות חג'לה הנובעים בין החוואר לקרקע הסחף. נביעות אלו גרמו להמלחת השטח וליצירת מלחה במקום. הקרקע המאפיינת את הבתרונות ובסמוך לירדן היא קרקע סיאנית עם ריכוזי גבס בתוכה. הגבס  יוצר גבעות בצורת שולחנות באזור הבתרונות.

המקורות ההיסטוריים מעידים על מתבודדים במדבר הירדן (המישור שמשתרע מדרום וממזרח לעיר יריחו) החל מן המאה הרביעית לסה"נ. נראה שהיו אלה הנזירים הראשונים באזור. מנזר שיתופי ראשון הוקם באזור על ידי הנזיר גרסימוס, הנחשב אבי הנזירות במקום, באמצע המאה החמישית לסה"נ ואף נקרא על שמו. השנים הללו מסמלות את תחילתה של תקופת פריחה ושגשוג במנזרי מדבר יהודה בכלל ובנזירות מדבר הירדן בפרט. מנזרו כלל כנסייה, מטבח, חדר אוכל, מחסנים ואף מגורים. גרסימוס הנהיג תקנון מחמיר שקבע, כי כל נזיר יתבודד בתאו במשך חמישה ימים. לבושו היה דל, צרכיו מזעריים וציודו כלל מחצלת קנים וקערת מים. מזונו היה מורכב בעיקר מלחם, תמרים ומים. הנזירים עסקו בקליעת סלים ובשזירת חבלים מכפות תמרים. בימי שבת וראשון נקהלו הנזירים בגרעין הלאורה, אכלו אוכל חם, שתו יין והתפללו יחדיו. בתאים היו מנועים מהדלקת נרות או מהכנת משקה חם. תאיהם נשארו פתוחים תמיד.

אחרי מותו של גרסימוס, בעיקר במאה השישית, התגברה תנועת הצליינות לארץ ישראל בעידוד הקיסרים אנסטסיוס ויוסטיניאנוס. הראשון הקים את מנזר יוחנן המטביל, סמוך לירדן ובעידודו של השני נבנו במקום אכסניות. כך נוספו באזור כעשרה מנזרים. סיומה של נזירות מדבר הירדן, כסיומה של נזירות מדבר יהודה, הושפע מן הכיבוש הערבי במחצית הראשונה של המאה השביעית לסה"נ.

נזירות מדבר הירדן נחקרה על ידי רבים מחוקרי נזירות מדבר יהודה, ביניהם טובלר, גרן, קונדר וקיטשנר, צ'יטי מינרדוס ואחרים. המחקרים החשובים ביותר בתחום תיאור השרידים בשטח נעשו על ידי פדרלין בתחילת המאה העשרים ואגוסטנוביץ בשנות המחישים של אותה מאה.

מפת האזור של פדרלין שמשה במשך עשרות שנים בסיס מפורט בלעדי לשרידי המנזרים והתאים. בשנות השבעים והשמונים החלה תנופת מחקר ישראלית בראשותם של הארכיאולוגים פ' בר אדון, י' הירשפלד וי' פטריך. בסקר שנערך על ידי ע' שיאון בשנות התשעים הושלמה תמונת המצב בשטח באמצעות סקר שיטתי.

אתרי מדבר הירדן פרוסים על פני שטח נרחב בן עשרה קמ"ר, בהם עשרות מנזרים, קפלות ותאי נזירים. ניתן אפוא לחלק את האתרים לשלושה אזורים: א. דיר חג'לא, ב. עין חג'לא, ג. אתר הטבילה.

 מנזר גרסימוס או קצר חג'לא

מגרש החנייה נמצא מצפון ובסמוך למנזר, ממנו מוביל כביש קצר טבול בגן פורח, אל השער. המנזר בנוי לגובה שתי קומות סביב חצר מרוצפת לוחות אבן ובמרכזה בור מים. בחדרי הקומה הראשונה נמצא מטבח וחדר אוכל מדרום וממזרח, דוכן מזכרות וקפלה קטנה מצפון. כנסיית המנזר וחדרי מגורים נמצאים בקומה השניה.

בעדותו של גרן מלפני 120 שנים מתואר מנזר חרב ובתוכו כנסייה הרוסה. על פי הקשתות החדות תיארך גרן את המנזר לתקופת מסעי הצלב. העדר ממצאים קדומים לימי הביניים במנזר ובסביבתו הקרובה שולל כנראה את קיומו של מנזר ביזאנטי במקום.

המנזר במתכונתו הנוכחית שוקם בסוף המאה הי"ט ומזה עשרים וחמש שנים הוא מטופח על ידי הנזיר כריסטוס – שהוא גם אב המנזר.

הלאורה של גרסימוס

לאורה זו כוללת 11 תאים בחלקם חצובים ובחלקם בנויים. יוצא דופן הוא תא מס' 3 החצוב בגדת ואדי נוחיל, ממנו נראים צמרות הדקלים. התא כולל מספר חדרים וקפלת תפילה.

חורשת דקלים טבעית הניזונה ממי עין חג'לא. לב ליבו של נזירות מדבר הירדן בו נכללים שישה מנזרים חרבים ו44- תאים הנפרסים לאורך כשני קילומטרים מדרום לנחל פרט ומצפון לדיר חג'לא על פני רצועה שרוחבה קילומטר אחד.

התאים פרוסים לאורך קווי פרשות מים מקומיים במרחקים של 50 – 150 מ' זה מזה. רשת שבילים מקשרת ביניהם. התאים נבנו על מצע סלע קשה – "סוליות" הגבס. רובם בנויים (למעט שלושה חצובים) מאבנים מקומיות, שנחצבו מאותן שכבות גבס טבעיות. המחצבות המקומיות, שמהן נלקחו האבנים, נמצאו ליד כל תא כמעט.

לאורת קלמון

לאורת קלמון שפירושו קנים, נוסד בשנת 455 לסה"נ. על פי תיאורו של פדרלן "… שרידיו של המנזר נתגלו במרחק 200 מ' מזרחית למעיין. השרידים, בהם קירות ואבני פסיפס, נתגלו תוך הכשרת השטח לנטיעה על ידי נזירי יוחנן המטביל. בין השרידים בולט המבנה המרכזי של הלאורה, שמידותיו 30 X 48 מ'. במרכז המבנה חצר פנימית שמאגר מים עגול בקוטר 7.5 מ' שרד בה. עבודות הכשרה הותירו בשטח בור מים ושפכי חרסים מהתקופה הביזאנטית.

מנזר המגדלים

המנזר נמצא בסמוך וממזרח לכביש עוקף יריחו. הוא נסקר בהרחבה על ידי פדרלן ותוכניתו הובאה על ידי פ' בר אדון. שרידי המנזר נחשפו בחפירות שנערכו באתר על ידי י' זלינגר והשתמרו לגובה 1.5 – 2 מ'. האתר לא מוכשר עדיין לביקור.

 מנזר פטרוס

המנזר ממוקם כ – 300 מ' מדרום לנחל פרת. צורתו מלבנית 24.7 X 36.2 מ'. הפתח מוביל אל חצר, המוקפת ב – 15 חדרים לפחות. בפינות הצפונית מערבית והדרומית מזרחית בולטות במיוחד, עד כשני מטרים מפני השטח הטבעי, ויש להניח כי היו אלה מגדלי תצפית ומשמר. חמישה מ' ממזרח לדופן המזרחית של המבנה נמצא בסיס מבנה שמידותיו 4.6 X 7.5 מ'. פדרלין סבר שזוהי קפלה.

הלאורה "החדשה"

התחייה המחודשת, שחלק ממנזרי מדבר יהודה זכו לה בסוף המאה הי"ט הביאה לחידושה של הלאורה באזור עין חג'לא. תאי הנזירים נבנו מלבנים, שנחצבו משכבות הגבס שבאזור. הקירות לוכדו בטיט מקומי ולעתים רחוקות טויחו. משקופי החלונות והפתחים מחוזקים בענפי צפצפת הפרת ובענפי אשלים. התקרה עשויה קורות עץ, המונחים לאורך המבנים, ועליהם מרבדי קנים מחופים בטיט קירטוני.

המבנים המודרניים שנמצאו בסביבת התאים שימשו חוואים בעלי משפחות, שעיבדו אדמות בסביבת המעיין.

אתר הטבילה על פי האמונה הנוצרית נמצא בגדתו המערבית של הירדן, ובו כמה כנסיות, מנזרים ואתרי תפילה. המקום היה אבן שואבת לאלפי מאמינים עולי רגל עד מלחמת ששת הימים. כיום נמצא האתר ממזרח לגדר המערכת והכניסה על פי תאום עם הצבא. המקום נפתח לביקור פעם בשנה.

1. מנזר יוחנן המטביל

המנזר שנקרא גם קצר אל יהוד או טירת יהודי נוסד בסוף המאה החמישית – תחילת המאה השישית. האתר זכה לסיקור ארכיאולוגי נרחב במאה שנים האחרונות. גרן תיאר מנזר הרוס מוקף חומה, ובשרידים זיהה קשתות נפולות עם אפסיס במזרחה. בשיפולים המערביים של ההריסות נסקרה באר עתיקה. צליינים רבים בקרו במקום והותירו בו את רישומם, בעיקר בצורת חריטת צלבים. החל מן המאה ה – 12 דבקו בהנחת קיומו של המנזר על חורבותיו של המנזר הקודם, המקורי. סקר באתר מצביע על שפע חרסים מן התקופה הביזאנטית ועל אמת מים ביזאנטית שכיוונה ממערב למזרח. בשנות החמישים של המאה העשרים נבנה המנזר מחדש ביוזמת הפטריארכיה היוונית אורתודוקסית.

.  אל קציר "הארמונות", והמנזר האשורי, דיר אל חבש – "מנזר האתיופים".

שרידיה מנזר הארמונות נמצאים כ – 300 מ' דרומית מזרחית למנזר יוחנן המטביל. על פי המסורת הנוצרית עלה ממנו אליהו בסערה לשמים. המנזר האשורי על שם יוחנן המטביל נבנה בתחילת המאה העשרים והוא נמצא בסמוך לכביש הראשי כ1- קילומטר מדרום למנזר הארמונות. המנזר הדרומי, דיר אל חבש, נבנה במאה הי"ט על ידי בית המלוכה האתיופי.