בחפירות ארכיאולוגיות שעורכת רשות העתיקות באתר המיועד לבניית מלון בחוף מגדל, בשטח חברת 'ארק ניו גייט', נחשף מבנה בית כנסת מימי הבית השני, (מ-50 לפנה"ס ועד 100 לסה"נ), ובמרכזו אבן שעליה חרוטה מנורת שבעת קנים, שטרם נראתה כמוה. את החפירה ניהלו דינה אבשלום-גורני וערפן נג'ר מרשות העתיקות.
מבנה בית הכנסת נמצא במגדל (בגרסה הארמית - מגדלא), שמוזכרת במקורות היהודיים. במרד הגדול, תפסה מגדל מקום חשוב, ולמעשה, היתה בסיסו העיקרי של יוסף בן מתתיהו (יוסיפוס פלאביוס), מפקד המרד בגליל. מגדל המשיכה להתנגד לרומאים גם לאחר כניעת הגליל, וכניעתה של טבריה בפני הרומאים. 'מגדלא', מוזכרת במקורות הנוצרים, כמקום ממנו באה מרים המגדלית, שהייתה אחת מהנשים בחבורתו של ישו והתקדשה במסורת הנוצרית.
לאחר כיבושה של על ידי הרומאים, נהרסה העיר ורבים מתושביה נהרגו. בסוף ימי הבית השני מופיעה מגדל כמרכז מנהלי של אגן הכינרת המערבי. עד להקמתה של טבריה בשנת 19 לסה"נ, הייתה מגדל היישוב המרכזי היחידי בחוף הכינרת. האתר סגור למבקרים ויפתח לקהל בעתיד.