בין השנים 1999-2002 חידשה משלחת של אוניברסיטת בן-גוריון את החפירות בתל אל-פרעה דרום. בחפירה השתתפו גם אוניברסיטת קלרמונט מארצות הברית ואוניברסיטת רוסטוק מגרמניה. פרוץ האינתיפאדה השנייה הביא לסיומו של הפרויקט זמן קצר לאחר שהחל, שכן השותפים הזרים של החפירה החליטו שלא לשוב לישראל מסיבות ביטחוניות. בעונה האחרונה, עונת 2002, סיימנו את העבודה בכל הריבועים הפתוחים וכיסינו מחדש באדמה את שטח החפירה. תוצאות החפירה הן, בשל כך, מוגבלות למדי. בשני שטחי חפירה בדקנו את השכבות של התקופות הרומית, הלניסטית והפרסית, ובנוסף נחפרו קברים בדואים שחדרו לשכבות העליונות. באזור שלישי בדקנו את הביצורים של האתר. תוך כדי חפירת חומת העיר חשפנו את ביצורי תקופת הברזל וביצורי תקופת הברונזה התיכונה. בנוסף, חקרנו שכבות ומבנים שמתחברים לביצורים שמתוארכים לתקופות הברונזה התיכונה והמאוחרת וכן לתקופת הברזל. אוסטרקון עם המילה "לאדוננו", נמצא בשטח זה. על פי הכתב מתוארך האוסטרקון למאות העשירית או התשיעית לפנה"ס.
 
כמסקנה מרכזית אפשר לומר שאומת אפיונו של תל אל-פרעה דרום כמצודת גבול וכתחנת דרכים. במהלך האלף השני והראשון לפני הספירה האתר סימן את הגבול הדרום מזרחי של ישויות פוליטיות שמרכזן היה באזור עזה. כמו כן שימש האתר כמקום מפגש בין האוכלוסיות שהתגוררו בשטחים החקלאיים של אזור החוף מערב לתל ובין אלו שהתגוררו במדבר ובערבה שממזרח לו.