במהלך החודשים יוני –יולי 2004 נערכה חפירת בדיקה במרכז שפירא, במרחק של 20 מ' מהמסלול הדרומי של כביש מס' 3 (קסטינה-אשקלון). האתר נתגלה במהלך פיקוח על עבודות תשתית של חברת מקורות . החפירה בוצעה מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת מקורות
בחפירה נתגלו מבנים מהתקופות הרומית הקדומה(מאות 1-2 לספה''נ), הרומית המאוחרת (מאות 3-4 לספה''נ) , והביזנטית (מאות 5-תחילת 7 לספה''נ ) . מהתקופה הביזנטית אף נתגלה קטע מאמת מים ,כנראה לניקוז. בנוסף לשרידי היישוב הרומי-ביזנטי נתגלו סימני פעילות מתקופות מאוחרות יותר: מספר כלי חרס מתקופת בית עבאס (מאות 8-10 לספה''נ) ושפכים מהכפר הערבי סוואפיר אל-שרקייה.
השרידים בשטח מצביעים על התיישבות רצופה במקום במשך כ 500 שנים. הישוב נבנה בצורה מסודרת עם בתים בנויים בכוון צפון דרום, וזאת לאורך כל תקופת ההתיישבות באתר. קירות הבתים היו בנויים רובן מאבני כורכר מסותתות, ואחדים מלבני בוץ. אלו לא שרדו.נתגלה חומר לבנים בלבד ,בעיקר בריבועים המזרחים של החפירה. רוב הרצפות היו בנויות מלוחות אבן או מטיח. אחת הרצפות , השייכת למבנה מסוף התקופה הביזנטית, היתה מורכבת מפסיפס עדין . רצפת הפסיפס נתגלתה בעומק של כ 0.20 מ' בלבד מפני השטח ונהרסה כמעט לחלוטין . בין בתי הישוב הביזנטי עברה אמת מים תת-קרקעית. אמת המים נבנתה בתוך חפיר ורק תקרתה בלטה מעל הקרקע. בתקרה היו תאי ביקורת, כנראה לניקוי. הקירות וריצפת האמה ניבנו מאבני כורכר וטויחו בטיח הידראולי. מידותיה החיצוניות של האמה הן 1.35 מ' גובה ו1.20 מי רוחב :מידותיה הפנימיות הן 0.95 מ' גובה ו0.80מ' רוחב. תקרת האמה עשויה יציקת אבני כורכר וחומר מליטה שנוצקה מעל הקירות. בבדיקת חלק מן התקרה אשר קרס ניתן להבחין בחרסים, חלוקי נחל ואף מספר מטבעות נמצאו בחומר המליטה.ככל הנראה האמה שימשה לניקוז של הכפר. המים זרמו לכוון ארוץ משני מנחל לכיש הנמצא במרחק של מאה מטר מצפון, וזאת על פי כוון השיפוע אשר יורד בהדרגה צפונה.