אתר הגושרים הוא מהחשובים שבאתרים הפריהיסטוריים בצפון הארץ. בשנים 1978 ו-1980 נערכה במקום חפירת בדיקה מצומצמת בהנהלת תמר יזרעאלי-נוי מטעם מוזיאון ישראל. בקיץ של שנת 1996 ושנת 1997 ערכה רשות העתיקות שתי עונות של חפירת הצלה נרחבת סמוך לפאה הדרום מערבית של האתר ובימים אלה מתנהלת חפירת הצלה מצומצמת בדרום מזרח האתר. מידע רב על המקום ניתן לשאוב ממכלול ממצאים גדול ועשיר השמור באוסף המוזיאון הפריהיסטורי בקבוץ מעין ברוך, שבהנהלת אמנון אסף.

בחפירה הובחנו שש שכבות ומשכבות V- IVעלו עדויות מעטות לעולם האמונה של תושבי האתר.

בשכבה V נמצאו מבנים דלים של כפר קטן שתרבותו החומרית מראה זיקה ברורה לאתרי ארץ ישראל מסוף התקופה הנאוליתית הקרמית, ימיה של שכבה XI ביריחו והתרבות הלודית. בראשית התקופה הכלקוליתית, שכבה IV,  חל שינוי חריף באופי הישוב באתר. במקום נוסד ישוב נרחב שהממצא בו מעיד על קשרים מובהקים לתרבות חלף שנפוצה בתחום רחב מצפון, וכן על קשרים הדוקים פחות לתרבות ואדי רבה הארץ ישראלית. נראה שהשינוי החריף באופי האתר נובע ממיקומו בנתיב המעבר בין דרומו וצפונו של הלוונט. מיקום זה מקבל משמעות עם התפשטותה של תרבות חלף ויצירת מערכת הקשרים הנרחבת שמאפיינת אותה. בתקופה זו עולה חשיבותו של עמק החולה כמעבר בין לאומי ואתר הגושרים משגשג ומהווה גשר בין תרבויות ראשית התקופה הכלקוליתית.

שכבה V: בין המבנים נמצאה רצפה של גיר כתוש שמתארה כחצי מעגל ובשוליה הוצבו שש אבנים  בצורת קשת ופתחה פונה לצפון.  ניתן להניח שששת האבנים הן מצבות פולחניות. עוד נמצאו בשכבה זו מצבה אנתרופומורפית והטמנה של גולגולת בקר ביסודו של קיר. שילובן של גולגלות בקר במבנה מוכר בצפון אך לא בארץ ישראל.

שכבה IV: שרידי שלב IVb נתגלו בהיקף רחב וניתן להציע שחזור תוכניתם של מבנים מרובעים ובניהם חצר שבמרכזה מבנה עגול. סביר להניח שלמבנה העגול נועד תפקיד ציבורי ואולי הייתה זו במת פולחן. במבנה העגול נמצא חותם טביעה שעליו חרותת המתארת אנטילופה שלוחכת ענף תמר, ובמבנה סמוך נמצאה  צלמית שבורה שהותקנה מעצם רגל של אנטילופה. בצידה הקמור של העצם חרוטה דמות אישה ועל חזה תיאור של איל ותומר. ניכר דמיון רב בין שני התיאורים – זה שעל הצלמית וזה שעל החותם. לפנינו אחת הדוגמאות הקדומות ביותר לסצנת ה"אילה והתומר" שמלווה את אומנות המזרח הקדום במשך אלפי שנים. על עולם האמונה ניתן ללמוד גם מעשרות חותמות טביעה, חלקן  נמצאו בחפירה ואחרות מצויות במוזיאון מעין-ברוך. על רוב החותמות מגולפים דגמים גיאומטריים ואחדות נושאות דגמים פיגורטיביים. חותמות כאלה נפוצות באתרי התרבות החלפית ונדירות מאוד באתרי ארץ ישראל.

מסתבר שבפולחן שרווח בימי שכבה V מצויה עדות המקדימה לבשר את השפעת תרבות הצפון על הישוב של ימי שכבה IV.