נסיבות היסטוריות שונות הובילו לכך, שבימי הבית השני התפתחו מסגרות שונות שנתפסו כתחליף למקדש ולעבודתו. לתהליך זה היו השלכות ריטואליות שונות, למשל בתחום ההקפדה על הלכות טהרה.
ברצוני להתמקד בשינוי שחל במעמדה הדתי של ירושלים בתקופה החשמונאית, בסיבותיו ובהשלכותיו.
כבר עמד ש' ספראי על כך, כי בעוד שההלכה הקדומה פירשה את הביטוי "המקום אשר יבחר ה'" (המופיע פעמים רבות בספר דברים) כמכוון כלפי המקדש, הרי שבתקופה החשמונאית פורש הביטוי (על ידי הפרושים והחשמונאים) כמכוון כלפי העיר ירושלים כולה. לכן חלים הציוויים המקראיים הקשורים אל "המקום אשר יבחר ה'" בתחומיה של העיר (למשל: אכילת קדשים קלים ומעשר שני). הסיבה לשינוי זה קשורה, לדעתו, לעלייה בחשיבותה של העיר בתקופה זו ולגידול במספר עולי הרגל בעקבות התחזקותו של השלטון החשמונאי. ואולם דומני, שניתן להצביע על סיבות נוספות ואפשר שמדובר בתגובה חשמונאית לשינוי שחוללו המתיוונים במעמדה הפוליטי של ירושלים, שהפכה לפוליס בשם אנטיוכיה. מכל מקום, השינוי במעמדה הדתי של העיר לא התקבל על דעתם של חוגים שונים והדים לפולמוס בעניין זה השתמרו בספר היובלים, במגילת המקדש ובמגילת מקצת מעשי התורה. חוקרים שונים דנו בהרחבה בשאלה זו (י' ידין, א' קימרון, ד' הנשקה, מ' קיסטר) ואולם יש צורך להבחין, לדעתי, בין שלושה מושגים שונים כדי לעמוד נכונה על ההבדלים שבין ההשקפה הכיתתית לבין ההשקפה הפרושית (וחז"ל) בעניין זה:
א. "עיר המקדש" – ביטוי זה מופיע בעיקר במגילת המקדש והוא מכוון, לדעתי, כלפי המקדש וחצרותיו. ב. "המקום אשר יבחר ה'" – במגילת המקדש מתפרש ביטוי זה כמכוון כלפי השטח, שעליו עתיד לקום המקדש המתואר במגילה. ואולם יש לציין שגודלו של המתחם המקודש המתואר במגילה זהה, במידה רבה, לגודלה של העיר ירושלים בתקופה החשמונאית! הדבר נובע, לדעתי, מכך, שגם מחברה של המגילה עמד, מצד אחד, על כך, שהמקדש הקיים איננו עונה עוד על הצרכים הדתיים של העם ואולם, מצד שני, הוא לא רצה לחרוג מן הפירוש הקדום לביטוי זה ולפיכך נקט בפתרון מקורי ותיאר בחזונו מקדש, המשתרע על כל שטחה של העיר ירושלים. לפי חז"ל, כאמור, מכוון הביטוי כלפי העיר ירושלים. ג. ה"מחנה" – יש להבחין בין "מחנה הקודש" ("מחנה שכינה" בלשון חז"ל), כלומר: המשכן, או המקדש לבין "מחנה ישראל", כפי שאסביר להלן.
מה הן השלכותיה המעשיות של חלוקה זו? על פי חז"ל, "המקום הנבחר" הוא ירושלים ובתוכה יש לקיים את דגם המחנות של ספר ויקרא (כלומר, ירושלים מחולקת לשלושה מחנות: מחנה שכינה, לויה וישראל). ישנן הלכות הקשורות ל"מקום הנבחר", ישנן הלכות הקשורות למקדש וישנן הלכות הקשורות ל'מחנה ישראל' (שילוח מצורעים).
לפי מגילת המקדש, ה"מקום הנבחר" הוא שטחה של ירושלים משום שעליו יש להקים מקדש ואפשר, שההלכות הקשורות ל"מקום נבחר" נוהגות בו למרות שהמקדש טרם נבנה. שטח זה הוא גם "עיר המקדש" או "מחנה הקודש" (כלשון ממ"ת) ואולם ברור, שהלכות הקשורות למקדש אינן נוהגות בו שהרי המקדש טרם נבנה. לעומת זאת, "מחנה ישראל" הוא כל הערים בארץ ישראל ולפיכך יש לגרש מתוכן מצורעים ולבודד בהן את שאר הטמאים ודומני שזוהי הלכה שמחבר המגילה סבור שיש לקיים גם בימיו.
עמדתה של מגילת ממ"ת זהה לחלוטין, לדעתי, לעמדתה של מגילת המקדש בעניינים אלו אולם היא נוקטת במינוחים אחרים מאלו שבהם משתמשת מגילת המקדש משום שהיא פונה לאנשים שאינם חברים בכת. כך ניתן, לדעתי, להסביר את הקטעים בממ"ת הדנים במעמדה של ירושלים.