האזכורים של בתי כנסת בספרי הברית החדשה מתחלקים מבחינה גיאוגרפית בין פעילותו של ישו עצמו, בעיקר בגליל (האוונגליונים הסינופטיים), הקהילה הירושלמית של חסידיו הראשונים (מעשה"ש א-ח, טו, כא-כג) ופעילותו של פאולוס בפזורה ההלניסטית (מעשה"ש ט-יד, טז-כא, כג-כח). אומנם הן האוונגליונים הן מעשה"ש מתייחסים לאירועים בימי הבית, אך יש לנהוג בזהירות בעדותם כי הטקסטים הללו התחברו, או לפחות נערכו בצורתם הסופית, אחרי החורבן ומחוץ לגבולות ארץ ישראל. על כן לא מן הנמנע כי מחבריהם/עורכיהם משליכים מציאות יותר מאוחרת המוכרת להם על חייו של ישו וחסידיו הראשונים.
סביר להניח שהרכיבים המשותפים לאוונגליונים השונים משקפים את השלבים המוקדמים בהתגבשות המסורת: כאן נמצאות העדויות הלא-מפורטות על כך שישו לימד, נשא דרשות וריפא חולים/גירש שדים בתוך בתי כנסת. לרוב מודגש שהדבר אירע בשבת ומעשה הריפוי בשבת עורר התנגדות. אין אפשרות להכריע בשאלה אם מדובר בבניין מיוחד או בהתכנסות בבית פרטי. כל זה מתרחש מחוץ לירושלים, בעוד פעילותו של ישו בירושלים מוצגת ב"מסורת המשותפת" כממוקדת בבית המקדש ללא אזכור של בתי כנסת בעיר.
ישנן גם עדויות על בתי כנסת המיוחדות למחברים השונים. כך מתי משלב בדברי ישו בירושלים ביקורת חריפה נגד הפרושים האוהבים לשבת ב"מושבי הכבוד" בבתי כנסת ולהתפלל שם ארוכות "למראית עין". הוא מזכיר גם, הפעם בנימה חיובית, את "כסא משה" שעליו יושבים הפרושים והסופרים בעלי הסמכות בפירוש התורה. גם לוקס מספק מידע ייחודי בשתי נקודות חשובות: 1) בלמדו בבתי כנסת השתלב ישו בדפוס הנהוג שם בשבתות: קריאה בתורה, בנביאים ולאחר מכן – דרשה. 2) פעילות הריפוי בדרך כלל התקיימה בבתי כנסת בימי חול (האינדיקציה לכך שהבניין שימש תדיר כבית כנסת?). האם המוטיבים הללו, אשר אינם שייכים ל"מסורת המשותפת", משקפים את הווי בתי הכנסת בארץ ישראל באמצע המאה הראשונה לספירה או, לחלופין, את המציאות בפזורה אחרי החורבן? דומה שלפחות בחלק מהם ניתן לראות עדות על המצב שבימי הבית. דוגמה הפוכה היא מוטיב התנכלויות לתלמידי ישו בבתי כנסת, המועצם במיוחד אצל מתי והמופיע גם בבשורה על פי יוחנן, המתוארכת לסוף המאה הראשונה, בה נאמר כי את תלמידי ישו "ינדו בבתי כנסת".
ס' מעשה"ש פורש בפני הקורא את תולדות התנועה לאחר הסתלקותו של ישו. החלק הראשון, ה"ירושלמי", של הנרטיב ממוקד בבית המקדש. בית הכנסת היחיד שאוזכר כאן הוא בית כנסת של עולי רגל מהפזורה ההלניסטית. לעומת זאת, בחלק השני המתאר את מסעותיו של פאולוס בפזורה בשנות ה-50 של המאה, פעילותו של השליח מתרחשת בעיקר בבתי הכנסת. גם בביקוריו בירושלים מזכיר פאולוס (לפי מחבר מעשה"ש!) את בית המקדש ואת בתי הכנסת באותה נשימה ממש. פרטים רבים נמסרים על ידי המחבר: חלקם מוכרים ממה שמסופר על ישו בבשורות, חלקם שייכים בבירור למציאות הפזורה, כגון, נוכחות הלא יהודים בבתי כנסת. המחבר שואף להציג את הרחבת מעגל הנושעים מיהודים לגויים כתהליך המתחיל בין כותלי בתי הכנסת – ועל כן לגיטימי. בין השאר, לאור מגמה ספרותית זו הועלו במחקר ספקות לגבי אמינות התיאורים הנ"ל. אולם ניתוח זהיר מאפשר, לדעתי, לבודד את הפרטים שיכולים לשקף נאמנה את הווי בית הכנסת עוד בימי הבית, אם כי לא בהכרח את העובדות הפרטניות של חיי פאולוס.