במהלך שנת 2003, נטלה רשות העתיקות חלק פעיל בחיבור פרק הארכיאולוגיה בתכנית המתאר המקומית החדשה של ירושלים ("תכנית מתאר מקומית ירושלים 2000"), פרק העוסק בשימור אתרי העתיקות וסביבתם. העבודה נעשתה תוך שיתוף פעולה בין מרחב ירושלים ותחום שימור של רשות העתיקות.
כשלב מקדים לניסוח פרק זה, נערך סקר אתרים אשר שימש כבסיס לגיבוש מדיניות השימור.
במאמר זה מתוארות הסיבות השונות המחייבות שיתוף פעולה הדוק בין מערכת התכנון לבין רשות העתיקות, כן מתוארים עיקרי התכנים השונים הכלולים בפרק הארכיאולוגיה.

רשות העתיקות פועלת על פי חוק העתיקות המקנה לה כח לאשר תכניות או להתנגד לתכניות בתחום אתרי עתיקות מוכרזים, זאת בהתאם לסעיף 29 לחוק האוסר ביצוע פעולות שונות באתר עתיקות ללא אישור בכתב ממנהל הרשות. כח זה, מספיק לכאורה לאכיפת דעתה של רשות העתיקות על מערך התכנון בכל הקשור לאתרי עתיקות. אולם למעשה, בהעדר מעורבות בתהליך התכנון, נושא אתרי העתיקות בעיר אינו מטופל (לרוב) באופן מתאים, וזאת ממספר סיבות:

א. בעבר, יכולתה של רשות העתיקות להשפיע על התכנון מבחינת הגנה, שמירה או תצוגה של אתרים ארכיאולוגיים היתה בעיקר בשלבים מתקדמים של אישור התכניות בועדות התכנון. מעורבותה של רשות העתיקות בשלבים מתקדמים אלו (ובעיקר דרישות לשינויים מפליגים בתכנית), נתפסה כגורם מעכב ומכשיל.
שילוב רשות נעתיקות בהכנת תכנית המתאר משקף את המודעות הגוברת לחשיבות השימור מצד מוסדות התכנון מחד, ושינוי בגישת רשות העתיקות מגוף 'מגיב' הפועל מתוקף חוק העתיקות, לגוף יוזם ושותף פעיל בהכוונה/השפעה על התכנון כבר בשלביו המקדימים.
ב. בהעדר מעורבות פעילה עוד בשלבים המוקדמים של התכנון,  נותרים השרידים הארכיאולוגים כ'איים' בלב שטחים מתוכננים, וללא כל קשר מתאים עם סביבתם הקרובה.

ג. פעמים רבות, לא נשמר אזור חיץ סביב האתרים היות ובהעדר תכנון משולב נושא זה לא נלקח בחשבון במסגרת התכנון.

 תכנית מתאר ירושלים, היא אחת מהתכניות הראשונות בה יושמה הגישה המשולבת. קדמו לה תכנית המתאר לעיר העתיקה, ותמ"מ ירושלים.

השרידים הארכיאולוגיים מעידים על חשיבותה של ירושלים לאורך ההיסטוריה. בשרידים משתקפים שימושי קרקע קודמים, שינויים אתנוגרפיים, דמוגרפיים, חברתיים, כלכליים ועוד. שרידים אלה באים לידי ביטוי במבנה הסביבתי העירוני הקיים דרך מבנים ודרך מערך הדרכים ששרדו בחלקם עד היום. לממצאים הארכיאולוגיים חשיבות רבה בשל ערכם המדעי, התרבותי, החברתי, האורבני והנופי. חשיבות זו מקנה לירושלים את מעמדה כאחת הערים החשובות בעולם.

מבנה הפרק:

התכנית מציינת את מקומו המרכזי של המחקר הארכיאולוגי וחשיבותו המדעית, את ערכם התרבותי האורבני והנופי של האתרים והחובה לשמור על מורשת זו לדורות הבאים.
כמו כן, נבחנת מערכת החוקים והאמנות הרלוונטיים, וכן הגופים המעורבים בשימור.
השימור מתייחס לשלוש יחידות גיאוגרפיות: העיר העתיקה, אגן העיר העתיקה והעיר החדשה. ההנחיות וההמלצות מוצגות על בסיס חלוקה גיאוגרפית זו.

נספח 4ג' לתכנית: סקר אתרים ארכיאולוגיים נבחרים בעיר החדשה

לצורך גיבוש מדיניות התכנון, נערך סקר ולימוד של 120 האתרים ה'מיוחדים' [ראה להלן]. בסקר, המצורף כנספח לתכנית במסגרת תכנית המתאר, נסקרו 120 אתרים אלו, ולכל אתר נערך 'כרטיס אתר' הכולל מידע רב אודותיו.
מרכיבי הסקר:
1. נתונים גיאוגרפיים וסטטוטוריים אודות האתר, מיקומו, תיאור השרידים, תיארוכם וכן צילום כללי של האתר.
2. ההקשר הסביבתי (הנוכחי) של האתר, שימושי הקרקע, מצב ההשתמרות, בחינת האתר ע"פ קריטריונים שונים ומסקנות בדבר פעולות שנדרש ושמומלץ לבצע בו.
3. תכנית האתר וצילומים שונים של האתר וסביבתו.

העיר העתיקה:

בתכנית קיימת דרישה להכנת תכנית מפורטת (שנערכת בימים אלו ע"י אדר' מייק טרנר ורשות העתיקות), וכן בהפעלת ועדה מקצועית שתדון בכל תכנית לשינוי בעיר העתיקה.
התכנית מגדירה את 'המותר והאסור' בכל הנוגע למונומנטים, אתרים ארכיאולוגיים ומבנים היסטוריים.

אגן העיר העתיקה:
התכנית מגדירה את גבולות אגן העיר העתיקה. הנחיות התכנית, הנוגעות ליעודי קרקע, גובה הבנייה המותרת ועוד, מעדכנות את ההנחיות הקודמות שנוסחו במסגרת תכנית המתאר הקודמת (ע.מ.9).
שימור קו הרקיע ומבטי נוף אסטרטגיים: אגן העיר העתיקה משמש כאזור חיץ, ופיתוח חדש צריך להתחשב במיקום העיר העתיקה בשטח העירוני, תוך מתן כבוד לקו הרקיע של העיר העתיקה. בתכנית מסומנים מבטים בעלי ערך נופי ותרבותי שבהם אין לפגוע.

העיר החדשה:

בעקבות ההכרה בצורך לשלב את אתרי העתיקות המצויים ב'עיר החדשה' בתכנון הכולל של העיר, הוגדרה כאמור קבוצה של 120 אתרים 'מיוחדים' שנבחרו על בסיס קריטריונים בין לאומיים. אתרים אלה זוכים, מבחינה סטטוטורית, להגנה נוספת. יש להדגיש, כי מתן הגנה נוספת זו לאתרים ה'מיוחדים', אינו פוגע בהגנה על שאר האתרים, במסגרת חוק העתיקות.
בתכנית מודגשת בהרחבה חשיבות השמירה על אזור חיץ סביב האתר, על הקשרו הסביבתי, וכן מתוארת מדיניות מומלצת המשלבת פיתוח נכון, תחזוקה שוטפת ומעורבות פעילה של הציבור.