ניצחון המוסלמים את הצבא הביזנטי בקרב פלה בחורף שנת 635 לספירה הביא בעקבותיו לנפילת העיר בידי הערבים, אף כי לא לחורבנה. העיר נכנעה לכובש וחתמה עמו הסכם כיבוש שאפשר מרקם חיים משותף, חף מזעזועים של ממש, אף כי במעמדה כמו גם במראה פניה ירדה עתה סקיתופוליס מגדולתה. זמן מה לאחר הכיבוש ובמועד שאינו נהיר לנו אורגנה מחדש המערכת המנהלתית, שעדיין שמרה על מרכיביה הביזנטיים אך שינתה את מרכזי הכובד המנהלתיים. בירת ג'ונד אורדון, המקביל בתחומו במקורב לפרובינקיה פלסטינה השניה, עברה לטבריה, בה הוקם מנהל הג'ונד על מרכיביו השלטוניים וביסאן כפי שהיא נקראת עתה ירדה מנכסיה. יחד עם זאת היא עדין העיר השוכנת על צומת דרכים מרכזי ועל כן שוקקת חיי מסחר וכלכלה. בנוף האורבני של העיר ניכרת עתה מוזרות מסוימת בה עדיין משמשים חלק מסמליה המובהקים של התרבות הרומית-ביזנטית.

רחובות העמודים של העיר, פיאצות ושערי העיר, התיאטרון והאגורה ולצדם פרופילאות, נימפיאון ומונומנטים אחרים משמשים עתה כתפאורת רקע, ריקה מתוכן לעיר המשנה בהדרגתיות את אורחות חייה ותפקודה מפוליס למדינה. אוכלוסיית העיר השתנתה אף היא לאיטה והיא כללה עתה מספר גדל והולך של תושבים מוסלמים שזה מקרוב באו. לצד היוונית שימשה עתה גם הערבית. המטבעות הביזנטיות, לעיתים בלוית הטבעה חוזרת המשיכו לשמש ונראה כי חיי היום יום במרכזה הציבורי של העיר כמו גם בכנסיות ובמנזרים שבשולי העיר המשיכו לפי שעה כסדרם.