החל משנת 1986 מתנהלות בתחומי בית שאן חפירות רחבות היקף במסגרת ה"פרויקט הארכיאולוגי בבית-שאן" בריכוזה של רשות העתיקות המלוות גם בעבודות שימור ושחזור נרחבות. לאחרונה במסגרת פיתוח האתר הוצב במבואת הכניסה דגם מפורט של העיר והוסדר מערך המחשה והסברה לאורך מסלול הסיור. החפירות במרכז הציבורי מהתקופות הרומית-ביזנטית והאומאית ובתל אצטבה מהתקופות ההלניסטית והרומית-ביזנטית נערכו על ידי משלחת רשות העתיקות בהנהלת ג' מזור ור' בר-נתן. במצודה הצלבנית נוהלו החפירות תחילה על ידי ר' גרטווגן מאוניברסיטת חיפה ולאחריה על ידי ג' זליגמן מרשות העתיקות. בשולי העיר נערכו במהלך השנים גם חפירות הצלה מטעם רשות העתיקות על ידי מ' פלג, פ' ויטו, ד' אבשלום-גורני, ד' ברשד, ע' שיאון, ד' שיאון, ו' אטרש וא' גולני. דו"ח ראשוני של תוצאות החפירות יד 1990 ניתן במהדורה הקודמת. במהלך השנים הבאות הושלמו עבודות הפרויקט ותוצאות החפירות ומחקרי העיר הרחיבו והעמיקו את הידוע לנו על תולדות העיר תכניתה ומבניה