בעקבות עבודות שיקום ותשתית בשוק הפשפשים -יפו נחפרו בין השנים 2002-2004 מספר רחובות ראשיים: עולי ציון, בית האשל, עמיעד לצד רחובות משניים ביניהם רבי חנינא, בן יאיר ומרגוזה. החפירה בוצעה בשלבים ובשטחים מוגבלים; למרות קשיי החפירה הן מבחינת תנאי מזג אויר והן מבחינת הסביבה העירונית - החפירה חשפה לראשונה שש שכבות ישוב למן התקופה ההלנסטית ועד ימנו. תוצאות החפירה וחיבור החפירות השונות לכדי תכנית אחת מלמדים על תכנון עירוני והתפשטות העיר מזרחה לתל יפו החל בתקופה הביזנטית ובעיקר בתקופה הצלבנית.
התקופה ההלנסטית- השרידים מתקופה זו נתגלו בכל שטחי החפירה וכללו בעיקר שפע כלי חרס מיובאים ומקומיים מן המאות 4-3 לפנה"ס שנמצאו בתוך רבדי האדמה על גבי סלע הכורכר. מעניין לציין כי לא נחשפו כל שרידי בנייה מתקופה זו או מן התקופה הרומית. התקופה הביזנטית- עיקר השרידים מתקופה זו נתגלו ברחוב עולי ציון וברחוב בית האשל, שם נחשפו קטעי קירות, רצפה עשויה לוחות שיש,מתקנים בניהם גת מפוארת הכוללת מספר משטחי דריכה מרוצפים אבני פסיפס וסביבם בורות איגום. כלי החרס שנמצאו על רצפת הפסיפס ובבורות האיגום כללו קנקנים, פכים וסירי בישול מסוף התקופה הביזנטית (מאות 5-6 לסה"נ).
התקופה המוסלמית קדומה- נראה שבתקופה האומאית ניטש האזור וחזר לשמש בתקופה העבסית/פאטימית (מאות 8-10 לסה"נ) כאשר חלק קטן מן הגת הביזנטית עובר שינויים ותוספות וממשיך לשמש כגת. ברחוב עולי ציון נחשפה פינת מבנה עשויה אבני גויל מלוכדות בטין, ברחוב בן יאיר התגלה קטע קיר ומשטח עבה של כורכר מהודק – יתכן ולפנינו חלק מרחוב ראשי.
התקופה הצלבנית- בתקופה הצלבנית (מאות 12- 13 לסה"נ) חשיבותה של יפו עולה בהיותה הנמל המרכזי של ירושלים ומרכז דתי ואדמנסטרטיבי. העיר מתפשטת מזרחה ובדומה לערי חוף אחרות בתקופה הצלבנית נבנית בה מצודה פנימית ועיר תחתית (burgus novu) מוקפת חומה. חפירות שוק הפשפשים העלו שרידים רבים מן התקופה הצלבנית בניהם בתי-מגורים, מתקנים, מבני ציבור ורחוב. לראשונה נחשפו שרידי הביצור המזרחי שכללו מבנה שער או מגדל ולצדו קטעי חומה וחפיר. מן הממצא הקטן ראוי לציין כלי חרס מיובאים ומקומיים מן המאות 12-13 לסה"נ, ריכוז ראשי חץ, חניתות ופרסות ; תליון עם עיטור צלב הפטריאך מוקף כתובת בלטינית וכותרת מעוטרת בתשליב צלב ולצדו זוג מפתחות (המונוגרמה של סט. פיטר).
התקופה העות'מאנית- בחפירתנו הבחנו בפער יישובי מסוף התקופה הצלבנית ועד התקופה העות'מאנית. העיר בימיהם של התורכים מצטמצמת לאזור התל (במזרח עד אזור רח' יפת של היום),שטחי העיר התחתית הצלבנית מכוסים, החפיר נסתם והאזור הופך לשדות חקלאיים ומטעים כעדות מפות ותצלומים מן ה-18 ותחילת המאה ה-19. ואמנם בחפירה נחשפו תעלות השקיה, בארות וחלק ממבנה כנראה בית-חווה אשר בו נמצא ריכוז כלים חקלאיים ומסביבו פזורים שלדי סוסים ובהמות. ברחוב מרגוזה נחפרו יסודות מבנה ייתכן חאן. ברחוב עולי ציון נחשף באקראי תותח השייך כנראה לצבאות נפוליון. בחלקו המזרחי של אותו רחוב נחפרה באר ובה נמצא ריכוז גדול של עצמות אדם וכדורי תותח- ייתכן עדות לקרבות התורכים בנפוליאון. בשלהי התקופה העות'מאנית, לקראת סוף המאה התשע-עשרה העיר מתפשטת מזרחה ונבנים מספר בתים לאורך קו החומה המזרחית (רח' יפת), יסודותיהם של חלק מן הבתים נמצא בחפירתנו לצד שפע של ממצא קטן המעיד על חיי היום-יום באותה תקופה.
תקופת המנדט הבריטי - בתקופתם של הבריטים נפרצים דרכים ורחובות חדשים לצד מערכת תשתיות ענפה, לעיתים תוך כדי הרס ופילוס מבנים עות'מאניים ומבנים קדומים. העיר מתפשטת מזרחה ומוקמים שווקים ומבני מגורים במתכונת המוכרת לנו כיום.