לאחר הפסקה של כעשרים שנה החפירות בתל יפו התחדשו בשנת 1997 בניהולו של זאב הרצוג, מטעם המכון לארכיאולוגיה של אוניברסיטת תל אביב, בשיתוף עם החברה לפיתוח יפו העתיקה. החפירות התרכזו באזור מצודת השלטון המצרי שחלקים משער הכניסה שלה נחשפו בחפירות יעקב קפלן בשנים 1974-1956. מטרת המשלחת החדשה היא לחשוף את חלקיה הפנימיים של מצודת השלטון המצרי, ממערב לשער שנחשף בידי קפלן.
בעונת החפירות הראשונה נחשפו חלקים נוספים משערי המצודה בתקופת הברונזה התיכונה והמאוחרת, וכן קטעים מחלקה הפנימי של מצודת יפו. הממצאים כוללים חרפושית מלכותית נדירה של אמנחותפ III , כלי חרס עשויים במסורת מצרית, וממצאים אחרים מתקופת הברונזה המאוחרת, תקופת הברזל, התקופה הפרסית והתקופה ההלניסטית.
בסיום העונה שרידי הבניה שנחשפו צופו בלבנים חדשות על מנת להגן עליהן מפני פגעי הטבע.