החל משנות ה- 90 ביצעה היחידה לארכי' ימית של רשות העתיקות סקרי פיתוח והצלה תת ימיים בחופי יפו זאת בעקבות תוכניות פיתוח באזור הנמל המודרני: פרויקט מדרון יפו (1992), פרויקט הארכת שובר הגלים נמל יפו (1994),פיקוח במהלך העמקת הנמל (1998). כמו כן נערך סקר ארכיאולוגי תת ימי במרחק כ- 2 ק"מ מערבית לנמל יפו במסגרת תוכנית להנחת צינור גז – שדירת הגז המרכזית (2002).
ממצאי הסקרים בקרבת יפו מתקבלת תמונה כי אין המדובר בנמל עתיק בנוי עם מזחים, רציפים וכדומה (כדוגמת נמל עכו, קיסריה, עתלית) אלא במעגן (תצורה טבעית משופרת ע"י אדם), מעגן טבעי (מחסה ארעי לכלי שייט ליד שרטון סלע טבעי). ממצאי הסקר מהאזור העמוק יותר יתכן ומצביעים על האפשרות כי במקום היה מעין "מעגן בים הפתוח": בדומה לנמל אשקלון או לנמל עזה היום, האוניות עגנו במרחק מהחוף וטענו או פרקו את הסחורה מכלי שייט קטנים.