בעקבות סקר ארכיאולוגי שנערך בשנות ה- 90 הסתבר, שבתחומי הכפר ג'עונה והמושבה הישנה ראש פינה קיים תל קדום, שראשיתו בתקופת הברונזה הקדומה 1 (לפחות), ויישובו נמשך כמעט ברציפות משך רוב התקופות ההיסטוריות מאז ועד היום, יותר מ- 5,000 שנה. גילוי ממצא רב, יחסית, מתקופת הברזל, מאפשר לקשר את השם ג'עונה לשמו של גוני בן נפתלי (במדבר כו:מח), כהצעת צ. גל.

תיאור השרידם:

בעקבות עבודות פיתוח  וגילוי עתיקות באזור מגרש החניה של ראש פינה הישנה, נערכה בקיץ 2002 חפירה בשטח של 50 מ"ר.  בחפירה נתגלו שרידים משלוש תקופות עיקריות:
1. תקופת הברזל: מראשית תקופה זו נתגלה קיר דו-פני באורך 2.5 מ' שהשתמר לגובה 1.6 מ', אליו קשורים שרידי קיר תמך ובור מדופן באבני גוויל. בקרבתם נחשפו שרידים של שכבת שריפה בעובי 0.5 מ', המכילה שרידי לבנים, פחמי עץ וגושי טיח אדום (פרסקו). כל אלה מעידים על ישוב מבוסס ורמת בניה גבוהה, אשר הוקם כנראה בתקופת הברזל 1 ונהרס בחורבן קשה בסוף התקופה, או במהלך תקופת הברזל 2. רמזים לבניה פוסט-חורבן (מתק' הברזל 2 ?) נתגלו בחפירה בשני מקוות, לפחות.

2. התקופה ההלניסטית: במאה ה- 2 לפנה"ס נבנה קיר מונומנטלי, כנראה חלק ממבנה   גדול, אשר חתך שרידים מתקופת הברזל. הקיר נבנה לסירוגין מאבני גוויל ומאבני גזית גדולות שהונחו 'ראש-פתין', בסגנון בניה פניקי (כמו בתל דור ובאתרי חוף אחרים). ראש פינה היא האתר המזרחי ביותר בארץ ישראל שבו נתגלה עד כה סגנון בניה כזה. אפשר שמבנה זה נחרב בידי החשמונאים, אשר כבשו את הגליל בשלהי המאה ה- 2 לפה"ס.
3.  התקופה הרומית: בחלק הצפוני של החפירה נתגלו שרידי בניה מהתקופה הרומית המאוחרת, המכסים על שכבת ההרס מתקופת הברזל. צפונה יותר, בשטח B, נערכה בדיקה מצומצמת, אשר חשפה חלק ממתקן מטויח וחרסים מהתקופה הרומית הקדומה. 

כלי חרסים האופייניים לתקופות הנ"ל,  וכן ידית רודית עם טביעת חותם הנושאת כתובת יוונית משנת 171 לפה"ס (תודה לדר' ג' פינקלשטין על  זיהויה). אלה מצטרפים לממצא הסקר משנות ה- 90', שכלל גם שבר חרס של צלמית המתארת דמות אישה המחזיקה בטמבורין המיוחסת לתקופת הברזל 2.