בחזית המוזיאון לארכיאולוגיה בגן השלושה, מצויה חצר פריטים ארכיטקטוניים עתיקים מאזור עמק בית שאן והסביבה. התכנון והצבת הפריטים בוצעו לפני כמה עשרות שנים, באישור הגורמים המנהליים והמקצועיים שליוו אז את המוזיאון, לרבות אגף העתיקות. הרעיון היה בין השאר, להציג למבקרים ובעיקר לתלמידים, בנוסף לממצא הקטן המדהים שמוצג במוזיאון, גם פריטי בניין וארכיטקטורה אופייניים לתקופות ההלניסטית, רומית וביזנטית במרחב הצפוני מזרחי של ארץ ישראל. כך הוצבו במקום בסיסי עמודים, עמודים ועליהם כותרות יוניות וקורינתיות, ארונות קבורה מאבן (סרקופאגים), משקופים, סורגים, אבני מיל רומיות, מזבחות ועוד. הפריטים עשויים מאבן גיר שנחצבה בגלבוע, בזלת מרמות יששכר ושיש וגרניט שיובאו לארץ ישראל בתקופה הרומית והביזנטית.

בדרום החצר הונחה רצפת פסיפס שהועתקה לכאן מחוות נזירים ביזנטית שנחפרה בתל בסול ליד נחל חרוד.

עם חלוף השנים נוצר צורך לטפל בחלק מן הפריטים שהונחו בחצר, בעיקר לאור השיטות והתובנות המקצועיות שהתפתחו בשנים האחרונות. רצפת הפסיפס הועברה בעבר, על מצע בטון וברזל שיצר נזק רב. היא מטופלת כיום בשלבים, ע"י תחום שימור ברשות העתיקות בשיטות מדעיות מודרניות, כגון מצע חדש עליו יונח הפסיפס שטופל.
בסתיו 2009 התחלנו לטפל גם בפריטים האחרים. העבודה מתבצעת ע"י המשמר אמיר ג'נאח וצוותו. בשלב הראשון נוקו כעשרה פריטים במזרח החצר. שני ארונות אבן גיר, מזבח ועמוד סורג משיש עברו טיפול יסודי של ניקוי ורפאות בעזרת הדבקות והכנסת מוטות ממתכת. כדאי לציין כי עבודה זו איטית, מורכבת וכרוכה בעלויות רבות. אנו מתכננים להמשיך ולטפל בשלבים, גם בשאר הפריטים שבחצר.