הכנרת ידועה בסערות הפתע הפוקדות אותה, שמקורן ברוחות מתונות ממזרח או ממערב. בעקבות ירידת מפלס הימה התגלו נמצאו כמה מעגנים עתיקים בחוף הצפוני של הכנרת. במרחק של כ-300 מ' מצפון-מזרח לטבחה נמצא מפרץ טבעי קטן, המכונה 'חלה' בפיהם של הדייגים המקומיים, המוגן מפני רוחות צפוניות ודרומיות. מפרץ נוסף, "מפרץ אמנון", נמצא בין כפר נחום לבין מוצא הירדן. עוגנים עם נקב אחד (5-40 ק"ג) נתגלו על קרקעיתם של מפרצים אלה ששימשו כמעגנים טבעיים כמו כן, ייתכן כי אזור מוצאם של נחלי הירדן והזאכי סמוך לבית ציידא, ומוצאו הקדום של הירדן מצפון לתל בית ירח, שימשו כמעגנים לכלי שיט.

כדי לקיים פעילות ימית בימת הכנרת היה צורך בנמלים של ממש. נמלים בנויים מאבן נחשפו לאורך חופי הכנרת מאז שנות ה-70 של המאה העשרים, בכפר עקביה, כורסי, עין גופרא, סוסיתא, דורבן, גדרה, בית ירח, כנרת, צינברי, טבריה, אמאוס, מגדלא, גינוסר, טבחה, כפר נחום. הנמלים בנויים אבנים קטנות ובינוניות (1-50 ק"ג), לא מהוקצעות, ולעתים גם מאבני בנייה בשימוש משני ומשברי כלי אבן שונים (כגון אבני ריחיים, אבני שחיקה, ספלולים וקערות). בחלק מן הנמלים נמצאו אבני קשירה מנוקבות (200-50 ק"ג). יסודותיהם של רוב הנמלים נמצאים בעומק של 211-212 מ' מתחת לפני הים. בשני מקומות – סמוך לאתר אהלו I וממזרח לתל בית ירח - אותרו מצבורים מלאכותיים, מוארכים, של אבנים לא מהוקצעות בעומק של 213-214.5 מ' מתחת לפני הים. ייתכן כי מצבורים אלה שימשו לעגינה, בדומה למיתקנים שנחשפו בים התיכון (מעגן ים פתוח) ונועדו לשמש אחיזה לעוגני הספינות בקרקעית הים, או כשוניות מלאכותיות ששימשו כמחסות לדגים. מתקנים אלה אינם מתוארכים. הממצאים בתחומי הנמלים דלים, אולם נראה כי הם נבנו בתקופה הרומית.

מפלסם של הנמלים מעיד על כך שמפלס פני הכנרת בתקופות הרומית והביזאנטית היה 210-211 מ' מתחת לפני הים, 1-2 מ' מתח למפלסה הנוכחי.