במשך למעלה מ-3500 שנה שימשה העיר עכו כמרכז לפעילות ימית ענפה, וכאחת מערי הנמל החשובות בארץ-ישראל. הנמל העתיק בנוי משובר גלים דרומי המתוארך לתקופות הפרסית והרומית, ושובר גלים מזרחי שנבנה על ידי איבן טולון במאה הט' לסה"נ. בפתח הנמל, בקרבת הקצה הדרומי של השובר המזרחי, ישנו אי קטן המכונה "אי הזבובים", ששימש מגדלור בתקופה הצלבנית. שובר הגלים הדרומי מכוסה היום בשובר הגלים המודרני של נמל הדיג.

החקירות הארכיאולוגיות התת-מימיות הראשונות שבוצעו בעכו נערכו על ידי ה"אגודה למחקר תת-ימי" בין השנים 1966-1964, ועל ידי "המרכז ללימודי ים" באוניברסיטת חיפה בשיתוף עם "האגודה למחקר תת-ימי בישראל" בשנים 1978-1976, בראשותו של אלישע לינדר. במהלך כמה עונות חפירה נחשפו יסודותיו של "מגדל הזבובים", קטעים של שובר הגלים הדרומי ושרידים של ספינה מהמאה הי"ח לסה"נ. במהלך העמקת הנמל בין השנים 1999-1993, נערכו סקרים תת-ימיים על ידי רשות העתיקות בניהולם של אהוד גלילי ויעקב שרביט. שרידים של תשע ספינות עם גוף עץ נתגלו בתוך הנמל העתיק ומחוצה לו. אחת הספינות הטרופות נתגלתה בתוך הנמל ותוארכה לתקופה הרומית. ספינה טרופה נוספת תוארכה למאות הי"א-הי"ג לסה"נ, שלוש ספינות טרופות למאות הי"ז-הי"ט לסה"נ, ואחרות לתחילת המאה הכ'. עמודים מעץ של רציף, המתוארך באמצעות פחמן-14 למאה הי"ד לסה"נ, תועדו בכניסה לנמל הדיג המודרני. בנוסף, אלפי ממצאים המתוארכים לתקופות ההלניסטית, הרומית, הביזנטית, הצלבנית, האסלאמית והעות'מאנית נמשו מהים. אלה כללו: עוגנים, חפצי ד יג, מטעני ספינות, מטבעות, כלי חרס, כלי נשק ותחמושת.