המרכז הארכיאולוגי פועל גם בחטיבות הביניים והתיכונים, לדוגמא בית הספר הסביבתי בעין גדי, אשר בו משולבת פעילות הוראה בכיתה עם פרויקט אמץ אתר. בעזרת פרויקט זה מכירים התלמידים בעזרת סדנאות, פעילויות בשטח וסיורים את אתרי העתיקות בסביבתם הקרובה, ובכך אנו מגבירים את מודעותם למורשת התרבותית ולשמירת העתיקות . התלמידים חוקרים את אזור ים המלח ולאחר מכן בוחרים אתר המיועד לפרויקט. התלמידים דואגים לניקיון האתר, להסדרת שבילים, להצבת שילט המיועד לכלל הקהילה במקום. בפעילויות אלו נוצר קשר אישי בין התלמיד לאתר שוודאי ישאר עימו בעתיד. עם סיום הפרויקט נערכת במקום טקס חגיגי בהשתתפות תושבי האזור, נציגי רשות העתיקות, נציגי מועצה אזורית תמר, תלמידי הגנים ובית הספר היסודי וצוותי בית הספר התיכון. פרויקט זה מונחה ומודרך ע"י רויטל זכריה רכזת הדרכה של מרכז ארכיאולוגי,והמדריכות קרני גולן וטלי אולך ובסיוע הארכיאולוג אורן שמואלי.