ב"גבעת יונה", באשדוד, המזוהה כמקום קבורתו של הנביא לפי מסורות שונות, נחשפו ממצאים ארכיאולוגים המאששים את קיומם של חיים במקום בתקופתו – תקופת בית ראשון. בחפירת בדיקה ארכיאולוגית שניהלה רשות העתיקות בגבעת יונה באשדוד לפני עבודות פיתוח של "חופית" - החברה לפיתוח התיירות בעיר, נמצאו שרידי קירות מסיביים ברוחב של יותר מ-1 מטר, המתוארכים לסוף המאה השמינית ותחילת המאה ה-7 לפני הספירה. לפי הערכת מנהל החפירה, דימיטרי יגורוב מרשות העתיקות, קירות אלו היוו מסד למבנה גדול, וזמנם - ימי הבית הראשון - זמן פועלו של הנביא יונה, שחי במאה ה-8 לפני הספירה, ונודע כנביא שנבלע ע"י דג לאחר שסירב להביא בשורה קשה ליושבי נינוה. במסורות מוסלמיות, התקדשה "גבעת יונה" כנקודת ציון לקברו של יונה הנביא ("נבי יונה"), ולפני כעשור הכריזה על המקום "אתרא קדישא" כציון לקברו של יונה.
ממצא שרידי הקירות מצטרף לממצאים מחפירה שהתקיימה בסמוך לאתר זה בשנות ה-60. על פי הממצאים, יש לראות בשרידים מסד רציני של מבנה, ששימש כמיצד או מצודה מימי הבית הראשון. לדברי סער גנור, ארכיאולוג מחוז אשקלון ברשות העתיקות, "גבעת יונה, שנישאת לכדי 50 מ' מעל פני הים, היא הגבעה הגבוהה ביותר באשדוד, ממנה ניתן לצפות לעבר הים, אל תל מור - בנקודת השפך של נחל לכיש שיתכן ששימש כנמל קדום, ואל תל אשדוד. בשל המיקום האסטרטגי, אין להתפלא על מציאתם של שרידי מצודה שצפתה על האזור בתקופת הבית הראשון. לדברי סער גנור, "קיימות שתי אפשרויות באשר למי שאכלס את המצודה בימים ההם: יש אפשרות שהיא נשלטה בידי האשורים - שליטי האזור בתקופת הברזל, ויתכן שישב בה יאשיהו מלך יהודה, שידוע כי כבש מהאשורים שטחים ושלט באשדוד- ים במאה ה-7 לפני הספירה. אדי בן ליש, מנכ"ל חברת "חופית" לפיתוח התיירות באשדוד מונה ע"י ראש עיריית אשדוד, ד"ר יחיאל לסרי, כיו"ר ועדת היגוי בתחום הארכיאולוגיה, והוא פועל בשיתוף עם רשות העתיקות להעמיק את הטיפול באיתור ממצאים ארכיאולוגיים והפוך אותם למנוף מרכזי לקידום התיירות לעיר. "העיר אשדוד היתה יישוב מרכזי בימי קדם, ובורכה בממצאים שמטילים אור מרתק על החיים, התרבות והפולקלור באזורנו בעת הקדומה. אנו מקדמים בברכה כל תגלית ונפעל לשמר את הממצאים היטב, כחלק מעידוד התיירות לאשדוד וממיצובה כעיר בעלת שורשים הנטועים עמוק בתולדות העם היהודי וההתיישבות באזור".