מפעל הבנייה הענק של הורדוס בהר הבית, שיישומו נמשך שנים רבות, תוכנן ובוצע בפועל בשלושה שלבים: בשלב הראשון, קודם לפעילות בהר הבית עצמו, הוקמה האנטוניה אשר החליפה את מבצר הבאריס החשמונאי שניצב בצפון מערב להר הבית.
 
בשלב השני, הוחלף בית המקדש שנבנה עם שיבת ציון (עם שיפורים במשך השנים) בבניין חדש. יחד עם המקדש נבנו בוודאי מחדש גם העזרות, הלשכות והשערים שהקיפו אותו, אלא שבניגוד לבית המקדש עצמו כאן בוודאי היה להורדוס ולאדריכליו חופש תכנון. בית המקדש, ללא ספק, חזר לעמוד באותם הגבולות שנקבעו עוד בימי הבית הראשון. בשלב זה, ככל הנראה, המשיכה להתקיים מסגרת הר הבית כפי שהייתה בסוף ימי החשמונאים -- כמכלול מוקף חומה ובכמה צדדים גם סטווים. (אין כל סיבה להניח שהורדוס חילק, בשנה ומחצה שבהן נמשכה הקמת המקדש, את המאמצים בין הקמת בית המקדש לבין הרחבת הר הבית).
 
בשלב השלישי, עם השלמת בניין המקדש והעזרות, ניגש הורדוס לתכנון ויישום הרחבת גבולות הר הבית. בניגוד להקמה מחדש של בית המקדש היה עתה צורך להתמודד במספר גורמים: 1) התחשבות באלמנטים קיימים כמו האנטוניה, מצד אחד, ופינוי השטח העומד לבנייה, מצד שני; 2) תנאים טופוגרפיים קשים, כמעט בכל צד; 3) הסדרת הגישה של ההמונים, אל בית המקדש, בזמן עבודות הבנייה; 4) יישום הבנייה המונומנטלית של הכתלים. בעת תהליך התכנון נשמר הקו המזרחי הקיים של הר הבית כמות שהוא. מידת ההתרחבות לצד דרום הוכתבה, ככל הנראה, על פי גודלה של העזרה המלכותית.
 
ההתרחבות למערב הוכתבה בוודאי על ידי שיקולים שונים וכך גם בצפון אלא שכאן "התפשר" הורדוס עם קיומה של האנטוניה, שהוא עצמו בנה שנים רבות קודם לכן. כתוצאה מן ה"פשרה" בלטה המצודה המלכותית כ-65 מטר אל תוך הרחבה.
 
המרצה, מכל מקום, רואה את הגדלת הר הבית, בשלב השלישי, כתהליך של הרחבה שבה נוספו להר הבית הקיים (זה של ה-500X500 אמה) "רצועות" ולא פעולת תכנון מתוחכמת עם זוויות ופרופורציות קבועות מראש או לחליפין תכנון על פי צירים. את האפשרות היחידה של תחכום כל שהוא רואה המרצה, אם בכלל, בקביעת הכניסה אל בית המקדש עצמו במחצית הדרך שבין הסטווים במזרח ובמערב ובין העזרה המלכותית בדרום והסטיו הצפוני (ממזרח לאנטוניה).