במהלך קיץ 2005 בעקבות תוכנית להרחבת פסי הרכבת נערכו חפירות חדשות באתר גת גוברין. האתר נחפר לראשונה על ידי זאן פרו בשנת 1961,1962. חפירה נוספת נערכה באתר בשנת 1999 על ידי חמודי חליילה מתאם רשות העתיקות. כל החפירות התרכזו ממזרח לפסי הרכבת באותה יחידת שטח.
 
בחפירתנו נחפר שטח של 600 מטר מרובע שהוא הגדול מבין שטחי החפירה שנחפרו באתר זה.
 
במהלך החפירה הצלחנו לאתר ולהתחבר לחפירתו של זאן פרו מראשית שנות השישים שמיקומו המדויק לא היה ידוע ולריבועי חפירתו של חמודי חלילה שעדיין נראים לעין. כתוצאה מכך התקבלה תמונה רחבה ורציפה של כל שטחי החפירות דבר המאפשר ניתוח סטרטיגרפיה וארכיטקטוני של ישוב זה ברמה טוב יותר. 
 
בחפירתנו נחשפו שתי שכבות ישוב ללא עדות להמשכיות.  השכבה העליונה שתוארכה לתקופה הכלכוליתית הופרעה על ידי חריש עמוק.בשכבה זו נמצאו בורות ושרידי קירות בודדים, מרבית הממצאים תוארכו לראשית תקופת הברונזה הקדומה ומיעוטם לתקופה הכלקוליתית. השכבה התחתונה שתוארכה לתקופה הכלקוליתית השתמרה טוב יותר.  הארכיטקטורה בשכבה זו היא בעיקרה בורות רדודים ובורות פעמון אליהם ניגשות רצפות עם מוקדי אפר ושברי כלי חרס, עצמות וכלי אבן גיר. בחפירתנו נמצאו לראשונה באתר זה מספר קבורות אדם מרביתם בבורות רדודים כשלצידם שרידי חזירים. לקבורה באתר יש לשייך מבנה עגול ייחודי בתוכניתו שנבנה מלבני בוץ וקוטרו כ 4 מטרים. בתוך המבנה נמצאה קבורת ילד כשמעליו ולצדו הונחו מנחות בעלי חיים שונים כגון חזיר צעיר שנמצא שלם ורגל שלמה של מפריס פרסה. בקבר נמצאו גם שיניים שלפרט בוגר המעידים על קבורות ראשוניות שהועברו לקבורה משנית. נראה שמבנה ייחודי זה שימש לצורכי קבורה טקסית.
 
מבין הממצאים בולטת במיוחד תעשייה כלי אבן גיר הייחודית לאתר זה בעיקר בכמות הכלים כגון מגרדים, כלי קיצוץ, סדנים ועוד המהווים את מרבית הממצא הליטי באתר.