האתר של בית דגן משתרע על גבעה שטוחה, מעט מצפון לכביש יפו-ירושלים, כחצי ק"מ מדרום לתל של בית דגן העתיקה.
במהלך החפירה נחשפו שני בתי קברות שונים. על החלק המערבי של הגבעה נחשף בית קברות מוסלמי מהתקופה הממלוכית ועל ראש הגבעה וחלקה המזרחי, נחשף בית קברות מתקופת הברונזה הביניימית. בבית הקברות המוסלמי לא נמצאו ממצאים או חפצים ותיארוכם של הקברים מבוסס על החרסים מהתקופה הממלוכית שנמצאו בלבנים שכיסו את הקברים.
 
בבית הקברות מתקופת הברונזה הביניימית נחפרו 135 קברים. מספר קברים השתמרו עם הפירים בשלמותם וברוב הקברים הפירים נהרסו. מהפירים שנמצאו בשלמותם ניתן לשחזר את מימדי הפירים והקברים. עומק הפירים הגיע ל-2מ' ויותר ומימדי חדרי הקבורה היו בין 1.20 מ' הקטן ביותר ל-1.60 מ' הגדול ביותר. הקברים נחפרו בחמרה חולית קשה ביותר ולפי צורתם, הם זהים לקברים שנחצבו בסלעי גיר ביריחו, דהר מרזבנה ועוד.
 
הממצאים בקברים כללו בעיקר כלי חרס, מעט כלי נשק מנחושת ומספר קטן של חרוזים. כלי הנשק מהנחושת זהים לכלים מתקופה זו באתרים אחרים בארץ. כלי החרס שנמצאו בקברים שונים בפרטים רבים מכלי החרס שנמצאו בחבלים אחרים. הם שונים מכלים שנמצאו בצפון מישור החוף. כמה טיפוסים דומים לטיפוסים מהרי שומרון וכמה דומים לטיפוסים משפלת יהודה. ניתן לאמר שבאגני הנחלים ירקון ואיילון נפוצים כלי חרס של קבוצה ייחודית ושונה מקבוצות כלי החרס המוכרים לנו מאזורים אחרים בארץ ישראל.