בחפירות הצלה שבוצעו במהלך שנת 2004 לאורך תוואי גדר ההפרדה, באזורי מודיעין ותל בית מרסים, שותף ד"ר אורן אקרמן, גיאומורפולוג מאוניברסיטת בר אילן, כדי להבהיר כמה נקודות קשר בין אתרים ארכיאולוגיים לסביבתם.
בהרצאה כאן נציג שתי דוגמאות של שיתוף פעולה גיאו-ארכיאולוגי, שתוצאותיו מועילות לחיזוי אפשרי של אופי האתרים לפני החפירה.
דוגמה אחת היא מחפירה ליד מודיעין: החפירה בוצעה בקטע שאורכו כ-1.5 ק"מ שבו זוהו בזמן הסקר כ-30 מתקנים ראויים לחפירה. תוך כדי החפירה, לאחר קילוף פני הקרקע, עלה מספר המתקנים לכ-100. בין השאר זוהו שישה פירים עגולים וסתומים שקוטרם כ-1 מ'. בשדות החקלאיים שליד המתקנים נמצאה כמות עצומה של פסולת חציבה, מעשה ידי אדם, כמות העולה בהרבה על מה שניתן היה להפיק מהחציבות המועטות שנמצאו במקום בכלל זה מהפירים; תוך כדי החפירה התברר שבנוסף לפיזור פסולת החציבה, נמצאו ערימות קטנות (כ-1 מ' גובהן), מסודרות בקפידה על מדרגות סלע. בחפירות מתחת למדרגות סלע אלה התברר, שבכל מקום בו נמצאה ערימה כזאת נחשף גם פיר עגול. באופן ניתן היה לזהות, בתוואי הגדר בלבד, עשרות פירים והתברר שזהו בית קברות גדול מתקופת הברונזה הקדומה.
דוגמה שנייה היא מסקר ומחפירות באזור תל בית מרסים: בסקר שנערך באזור זוהו מערכות חקלאות הכוללות מדרגות חקלאיות בואדיות צרים, גדרות המקיפות קטעי ואדיות ובתי חווה. מערכות חקלאות אלה דומות בצורתן החיצונית לאלה של בקעת באר שבע והר הנגב. ההבדל בין אזור תל בית מרסים לדרום הוא, שבתל בית מרסים נמצאו מערכות חקלאות אלה לצד מערכות חקלאות מסורתיות של חבל ההר הכוללות טראסות על המדרונות ומגוון מתקנים חצובים בסלע.
חקר פריסת מערכות החקלאות המדבריות בדרום הארץ נמצא במוקד פרוייקט מחקר המתבצע מטעם International Arid Lands Consortium; שאלות המפתח הן: האם מדרגות האבן בואדיות אכן מייצגות חקלאות נגר, וכיצד מתקיים עיקרון ניקוז המים לוואדי המדורג, לאור העובדה שגם על המדרון נמצאו טראסות?
תצפית שנערכה על תפקוד מערכות החקלאות בזמן גשם ולאחריו העלתה שעודפי מים זורמים במורד המדרון, על משטחי סלע מתחת לפני הקרקע שעובייה משתנה. חפירה בטראסה אחת העלתה שמתחת לטראסה נמצא שכבת לס שעומקה מעל 1.5 מ' , וכאן כמו בהר הנגב, נועדו הטראסות לנהל את פיזור המים, תופעה המיוחדת לחוות הנגר. בנוסף לערך המדעי, מעלה חקר הטראסות את העובדה שמדובר במתקן עתיק המהווה גורם בולט בנוף השרידים, ויש להתייחס אליהן כאל אתרי עתיקות לכל דבר.