בעקבות קידוח של חברת מקורות באזור ים המלח ובשל חשש להתמוטטות השרידים המועטים שנשארו מהמיצד, ביצעה רשות העתיקות חפירת בדיקה מצומצמת. יעודה של החפירה היה בעיקר לבדוק את התיארוך של המבנה. הבדיקות נעשו בראש המיצד ובמספר בורות בדיקה בחלקיו המערביים והמזרחיים של המיצד.
המימצאים מהחפירה מעידים שמיצד זוהר הוקם בתקופה הצלבנית והמשיך להתקיים בתקופה הממלוכית. עדויות היסטוריות מלמדות אותנו שבתקופה זו היה המיצד תחנה על דרך הבריד (דרך הדואר) בין עזה לכרך. הבדיקות גם הראו לנו שמדובר במבנה מורכב הרבה יותר ממה שנראה היום, אלא שחלקים גדולים ממנו לא השתמרו בעיקר בשל פגעי הטבע ואין ביכולתנו לשחזר, בשלב הזה, את מיתארו הכולל.