מבנה זה הוא יחיד במינו ולא נמצאה דוגמתו עד כה בארץ-ישראל. אם בזמן חשיפתו נהג גוטמן בהסתייגות מסוימת וקרא לו 'בניין ציבורי', הרי שמקווה הטוהרה שנמצא לידו הבהיר מעבר לכל ספק כי מדובר כאן במרכז קהילתי יהודי –בית כנסת, מקווה וחדר לימוד.
ישנם אמנם חוקרים בודדים המסתייגים עד היום מהגדרת הבניין כבית כנסת, כשהמחלוקת נסבה למעשה על מהותו ועל הגדרתו של בית כנסת בתקופת הבית השני. מן המקורות (חז"ל, יוסף בן מתתיהו, הברית החדשה) עולה בבירור כי מוסד בית הכנסת היה קיים בארץ-ישראל כבר בימי הבית השני, ואף בירושלים נמצאה עדות ארכיאולוגית לבית כנסת, היא כתובת תיאודוטוס. בניגוד לעשרות בתי הכנסת מתקופת התלמוד שהתגלו בארץ, נדירים הם מבני בית הכנסת מתקופת הבית השני. מבנים שהוגדרו כבתי כנסת נמצאו עד כה רק במצדה, בהרודיון ולאחרונה גם ביריחו (קדמוניות 117, עמ' 17–24) ובקריית ספר (קדמוניות 117, עמ' 25-32) קיים גם מבנה מאותה תקופה בישוב מגדל שלחוף הכנרת, שחופריו הגדירו את שלב השימוש השני בו כ"בית כנסת זעיר", אלא שנראה כי בכל שלביו שימש כבית מעיין. בתי הכנסת במצדה ובהרודיון התקיימו במבנים מימי הורדוס שהוסבו לייעודם החדש באופן חפוז על ידי מגיני המבצרים האלה, וזאת בעצם ימי המרד. המבנים ביריחו ובקריית ספר שרתו אחוזות או יישובים כפריים ומאחר ונחפרו ופורסמו זה מקרוב, עדיין לא עמדו במבחן הביקורת. עם זאת, ביסוד כל המבנים שנזכרו לעיל עומדת תפיסה זהה לזו של בית הכנסת בגמלא: אולם מוקף ספסלים ועמודים שהמוקד הוא במרכזו. בית הכנסת בגמלא הוא אם כן הקדום מבין בתי הכנסת המוכרים לנו אשר תוכנן ונבנה כבניין ייעודי בעיר יהודית. הדמיון הארכיטקטוני בין כל המבנים שהוזכרו רומז לכך, שזה היה הסגנון הארכיטקטוני המקובל באותה תקופה עבור בית הכנסת. מה בדיוק תוכן הפעילות שנערכה בבית הכנסת בימי בית שני ולפי אילו נתונים נוכל לזהות בית כנסת מימי בית שני בחפירה ארכיאולוגית– הללו נושאים השנויים עדיין במחלוקת ונתונים לפרשנות. בגמלא ברור כי בית הכנסת לא נבנה "ברומה של עיר", שהרי היו בניינים גבוהים ממנו; פניו אינם מופנים לירושלים (וכך גם הבניינים האחרים שהוזכרו). את כיוון הבניין הכתיבו הטופוגרפיה והדרישות ההנדסיות של חציבת המדרון ולא המסורת של כיוון הבניין כלפי ירושלים, מסורת שהתפתחה לאחר החורבן.
נראה כי הגדרתו של המבנה כמרכז קהילתי ששימש לתפילה, ללימוד תורה וגם להתכנסויות לא-דתיות תגדיר נכון יותר את מהות הבניין.