מתי נושבה גמלא לראשונה על ידי יהודים? התשובה אינה חד-משמעית. עוד לפני תחילת החפירות סבר גוטמן כי השם 'גמלא' (עם סיומת 'א') רומז לכך ששפת הדיבור של מייסדיה הייתה ארמית, ומכאן שמוצא תושביה באחד מגלי העלייה מגלות בבל, ולא מן הראשונים שבהם. התמונה העולה מממצאי החפירות איננה חד משמעית. גוטמן סבר כי הצלחת מרד המכבים שימש מוטיבציה ליהודים לעלות מבבל לארץ-ישראל, וחלקם השתקע במקום למרות שהגולן טרם היה בשלטון יהודי. כיום, לאחר מחקר יסודי של כלי החרס מגמלא, ניתן לומר בביטחון כי מכלולי כלי החרס הקדומים ביותר שנתגלו בה עד כה הם מן המאה הא’ לפני סה"נ. לעומת זאת, נמצאו באתר כ- 600 מטבעות סלוקיים מן המאה הב' לפני סה"נ, ביניהם 27 מטבעות מימי אנטיוכוס הד' (175–164 לפני סה"נ). זהו ממצא שלא ניתן להתעלם ממנו. זאת ועוד, החפירות העלו כי המגדל העגול שקוטרו כ-9 מ', הבנוי בראש החומה, קדם לחומה שנבנתה בראשית המרד (על כך בהרחבה להלן).
משרידיו המעטים מסתבר כי היה בנוי ברובו בניית 'ראשים' (שיטת בנייה בה הצד הצר של האבן פונה החוצה). שיטת בנייה זו אופיינית לבניה הצבאית של התקופה ההלניסטית (הדוגמא היפה ביותר לכך היא המגדל בשומרון) ורומזת לכך שגמלא נוסדה כנראה כמצודה סלווקית במאה הב' לפני סה"נ וברבות הימים הפכה ליישוב אזרחי. החפירות העלו כי תחילתו של הישוב הייתה במספר מצומצם של בתים על ראש הרכס, ומשם הוא התפשט בהדרגה במדרון הדרומי. הבית שנחשף על הרכס, ברובע החשמונאי (שטח D), הוא כנראה מראשיתו של היישוב.
שינוי דרמטי חל בימיו של אלכסנדר ינאי (104–76 לפני סה”נ), המלך החשמונאי שבימיו הגיעה ממלכת יהודה לשיא גודלה. באזכור היסטורי קצר מתקופה זו מוסר לנו יוסף בן מתתיהו, (מלח' א:ד:ח; קדמ' יג:394) כי באחד ממסעות המלחמה לצפון (בשנים 81–80 לפני סה"נ), בעיקבות תלונת התושבים על הטירן המקומי, דמטריוס, כבש ינאי את גמלא מידיו. דבר זה רומז על קיומה של אוכלוסייה יהודית משמעותית באזור הגולן המרכזי כבר בתקופה זו. לא מן הנמנע שהמגדל העגול נבנה על ידי אותו דמטריוס כנגד אלכסנדר ינאי.