זיהויה של גמלא נידון כבר בפירוט רב, ונראה שאין עוד חולקים על כך שהאתר, המצוין במפות הישנות בשם א-סלם, היא אכן גמלא העתיקה. מאז ראשית המחקר המודרני ניסו החוקרים, בהסתמכם על תיאוריו של יוסף בן מתתיהו, לזהות את גמלא עם אתרים שונים ברחבי הגולן. בין האתרים העיקריים שהוצעו במאה הי"ט היו קלעת אל-חצן המזוהה כיום עם סוסיתא (היפוס) ותל אל-אחדב (או בשמו האחר, תל א-דרע), הנמצא בנחל הרקד, בשטח המפורז שבין ישראל לסוריה. זיהוי אחרון זה הוצע על ידי קונרד פורר ב-1879 והחזיק מעמד כמאה שנה. למרות שהאתר ברקד לא נחקר מעולם, למעט ביקור חטוף של גוסטב דלמן במקום בשנת 1911, ביקור שבו מצא שבר פסל של דמות מכונפת העשוי בזלת, ממצא שלא מתאים לעיר יהודית. בשנת 1968 הציע יצחקי גל, במסגרת סקר טבע ונוף של רשות שמורות הטבע לזהות את גמלא עם האתר הנוכחי. לעומד על המצוק, בראש השביל היורד אל העיר הקדומה, אין כל ספק באשר לזיהוי: השלוחה התלולה המחוברת לרמת הגולן במזרח, ה'דבשת' על ראש השלוחה, מראה הכנרת, בה נשקף מעברה השני ביום צלול הישוב מגדל — כל אלה מתאימים בדיוק לתיאורו של יוסף בן מתתיהו: [גמלא] שוכנת בגדה השניה של הים מול טריכיאה (מגדל). גמלא הייתה שייכת לנחלת אגריפס, כמו סוגן וסלוקיה … שיפוע מחוספס יורד מהר גבוה, ובאמצעיתו מזדקרת רמה משוכה כדבשת. שיפועו של המדרון שווה באורכו בצד ירידתו כמו בעלייתו וכך דומה צורתו לזו של גמל...בצדדיו ופניו הוא מופסק על ידי בקעות שאי אפשר לגשת אליהם. בחלקו התחתון בכתף, שממנו מתרחק ההר, מתמעט קושי השטח. (מלח’ ד:א:א)
כיום, לאחר שנערכו בה החפירות, ניתן להתרשם גם מן הדיוק שבתיאור העיר עצמה:
הבתים נבנו על הצלע התלול ממש, והם דבוקים זה בזה בצורה מדהימה, בית אחד על גבי חברו, והעיר דומה כאילו היא תלויה ועומדת באויר, וכאילו עומדת ליפול מלוא קומתה על גבי עצמה. העיר פנתה כלפי דרום והתרוממה לשיא עצום ויצרה מצודה; שיפוע תלול שאינו מוקף חומות היה משתפע ויורד לתוך גיא עמוק שאין כמותו. (מלח’ ד:א:א)
באוטוביוגרפיה שלו (חיי יוסף) הוא מתאר כיצד הוזמן על ידי יושבי המקום לבצר את העיר. על סמך תיאור המצור והקרב, אין גם ספק שהיה עד ראיה לאירועים הדרמטיים הללו, ועל כך נפרט בהמשך הדברים.