החפירות המחודשות בסוסיתא החלו בקיץ 2000 בעקבות סקר אורבאני מקדים שנערך בקיץ 1999. שתי עונות החפירה הראשונות התקיימו בקיץ 2000 ו2001-, בשיתוף משלחת מהאקדמיה הפולנית למדעים, כאשר בראש המשלחת עומד פרופ' ארתור סג"ל.
סוסיתא ממוקמת על הר רם ושטוח (350 מ' מעל פני הכינרת) המשתפל ממזרח למערב, ותחום בשרשרת מצוקים עליה הושתתו חומות העיר, ששרידיהן ניכרים היטב. רשת הרחובות האורתוגונאלית של העיר, ובעיקר מהלכו של רחובה הראשי, החוצה את העיר ממזרח למערב (ה – Decumanus Maximus), נראים בבירור בתצלום אוויר ובשטח.
החפירה התרכזה בחשיפת השטחים הבאים:
הכנסייה הצפון-מערבית - הכנסייה ממוקמת בצפון-מערבה של העיר, בנויה כולה בזלת ובעלת תוכנית בזיליקה. עד כה נחשפו במלואם הסיטרה והאפסיס הצפוניים, שרצפתם עוטרה בפסיפס גיאומטרי וצמחי מסוגנן שהשתמר בשלמותו, וכן חדר ה"פסטופוריום" הצפוני. חלקים מאולם התווך, האפסיס המרכזי והאטריום נחשפו אף הם. מבין הממצאים הייחודים שהתגלו בכנסייה, ראויה לציון תיבת שרידי קדושים(Reliquarium) עשויה שיש ובה בקבוקון זכוכית המכיל שרידי הקדוש, וכן נר ברונזה שלם העשוי ביציקה בדמות יונה.
המבנה הרומי המונומנטלי - מבנה מונומנטלי מהתקופה הרומית, שנשתמר לגובה של כ – 3.5 מטרים, תוחם את רחבת הפורום ממערב, ובמרכז חזיתו המזרחית מצויה גומחה מדורגת המתאימה להצבת פסל. חזיתו המערבית חלקה, למעט חדר מדרגות מרשים בחלקה הצפוני של החזית. המבנה זוהה בזמנו כנימפיאון, אך היעדר מתקני מים כלשהם, מעלה האפשרות כי לפנינו מקדש פתוח לפולחן הקיסרים, הידוע כ"קליבה" ונפוץ בחורן ובטרכון.
הפורום - עד כה, נחשף קטע רחב ידיים (25X13 מטרים) מהפורום, המרוצף בקפידה בלוחות בזלת הנושאים תווי סתתים. כמו כן, נחשף גרם מדרגות המוביל ממפלס הפורום אל מאגר מים תת-קרקעי. מאגר גדול זה השתמר כמעט בשלמותו ומקורה בקמרון חביתי.
המכלול הצפוני - זהו שטח המשתרע מצפון למבנה המונומנטלי הרומי ובו התגלה קטע השייך למבנה רחב ידיים מהתקופה ההלניסטית (המאה הב' לפסה"נ ?). קירות המבנה בנויים בשיטת ראש פתין ובעלי סיתות שוליים.
החומה הצפונית - נחשף קטע בן 20 מטרים בתוואי הצפוני של חומת העיר. בחומה נחשפו מספר חדרים המתוארכים לאמצע המאה הא' לפנה"ס, השלב הראשון, כנראה, בבניית קטע זה של החומה.
הממצא על סוגיו השונים, ובעיקר חשיפתו של המבנה ההלניסטי, מאשרים שאת ראשיתה של סוסיתא יש לקבוע לתקופה ההלניסטית, כנראה לראשית המאה הב' לפסה"נ, כלומר תקופת השלטון הסלוקי.