גילוי מגילות מדבר יהודה, שאנו נוהגים לכנותן 'המגילות הגנוזות', הוא אולי החשוב ביותר במאה הכ'. בחציה הראשון של מאה זו התעוררה השאלה האם הטקסט התנ"כי, כפי שאנו מכירים אותו היום, זהה לתנ"ך שנכתב על-ידי הקדמונים, או שנעשו בו שינויים. צריך לזכור שעד ראשית המאה הי"ט לא היו בנמצא נוסחים קדומים של המקרא, והיו חוקרים יהודיים ונוצריים שטענו שהוכנסו שינויים בתנ"ך — אלה כדי שיתאים להתגלותו של ישו כבן האלוהים, ואלה כדי למחוק עדויות הקשורות בישו.
בשנת 1844, במהלך ויכוח זה על אותנטיות המקרא, גילה החוקר הגרמני ק' פון טישנדורפ את הקודקס הסינאי בספריית מנזר סנטה קתרינה שבסיני. הקודקס הוא אוסף דפים הכתובים ביוונית, מן המאה הד' לסה"נ, המייצגים רבים מספרי המקרא. גילוי הקודקס ומחקרו לוו בהשמצות הדדיות בין נזירי סיני לטישנדורפ, במעורבותו של הצאר הרוסי וברכילות רבה, שהוסיפו נופך לגילוי העותק הקדום ביותר של תרגום השבעים. המחקרים הרבים שנערכו בקודכס הוכיחו שלא חלו שינויים משמעותיים בתנ"ך מאז המאה הד' ועד ימינו.
103 שנים לאחר מכן, בקיץ 1947, גילה באקראי רועה צאן בדואי בצפון מדבר יהודה את המערה המכונה כיום 'מערה 1'. במערה הוא גילה קנקנים, ובהם מגילות קלף אותן הראה לכמה מחבריו, שאחד מהם זיהה בהן אותיות הדומות לארמית הסורית שראה במנזר הסורי-אורתודוכסי בבית לחם. הבדואים הוציאו מהמערה שבע מגילות; מכרו ארבע מהן למנזר הסורי בבית לחם תמורת סכום השווה היום ל-98 דולר לערך, ושלוש מגילות לסוחר עתיקות בבית לחם. אב המנזר לא הבין את חשיבות המגילות, אך העבירן לספריית מנזר האם שלו בעיר העתיקה בירושלים.
בחודש פברואר 1948, הנזיר האחראי על ספריית המנזר הסתכל על המגילות בעין בוחנת והיה הראשון שעמד על חשיבותן מדעית. הנזיר התקשר לביה"ס האמריקני לארכיאולוגיה בירושלים, לימים מכון אולברייט, וקרא לד"ר ג' טרוור, אשר הבחין מיד שהמגילות כתובות עברית וביקש רשות לצלמן. הצילומים נשלחו לפרופ' אולברייט בארה"ב שאישר את מקוריות המגילות וקבע את זמנן לראשית הספירה הנוצרית. לאחר סיומה של מלחמת השחרור הועברו ארבע המגילות לארה"ב כדי למכרן לכל המרבה במחיר. פרופ' י' ידין גייס תרומה נכבדה ורכש את המגילות ביוני 1954 עבור היכל הספר בירושלים.
סיפורן של שלוש המגילות האחרות ממערה 1 בקומרן היה הירואי יותר. ערב ההכרזה באו"ם על הקמת המדינה, הגיעה לפרופ' א"ל סוקניק, אביו של פרופ' י' ידין, הידיעה על הימצאות שלוש מגילות בחנותו של סוחר עתיקות בבית לחם. סוקניק בדק בתנאים-לא-תנאים את המגילות, קבע את מקוריותן, ניהל משא ומתן ורכש אותן עבור מדינת ישראל שבדרך. וכך, בשנת 1954 נמצאו שבע המגילות במדינת ישראל. אלה כוללות שתי מגילות של ספר ישעיה, ספר חבקוק, מגילת ההודיות, סרך היחד, מלחמת בני אור בבני חושך ומגילה חיצונית לבראשית. הרכבה של קבוצת מגילות זו מייצג את שנתגלה מאוחר יותר בקומרן: שילוב של כתבי המקרא עם ספרים חיצוניים למקרא, רובם ספרים המאפיינים את כיתות מדבר יהודה ותפיסת עולמן הדואליסטית.
בראשית 1949, יצאו החוקרים ר' דה-וו מביה"ס הצרפתי לחקר המקרא במזרח ירושלים ומנהל אגף העתיקות הירדני ל' הרדינג למערה מס' 1 בקומרן חפרו בה את שהותירו הבדואים, וגילו את אתר קומרן ומערות נוספות. בעקבות זאת הם ארגנו משלחת ארכיאולוגית גדולה שפעלה בין השנים 1951 ו-1956. בתום העונה הראשונה פרש הרדינג ואל המשלחת הצטרף החוקר הפולני מיליק, שהפך ליד ימינו של דה-וו. באתר נתגלה מרכזה של כת יהודית דתית מאד, ששמרה בקפדנות על חוקי הטוהרה והטומאה. שיאו של האתר היה בסוף המאה הא' לפסה"נ ובמאה הא' לסה"נ ואז גם נכתבו המגילות. האתר חרב במרד הגדול, זמן קצר לאחר חורבן ירושלים ובית המקדש. סביב האתר נתגלו 11 מערות, ונתגלו בהן ממצאים רבים ונחשפו קטעי מגילות, ובהן מגילת הנחושת במערה 3 ואלפי קטעים של מגילות במערה 4, שייתכן כי שימשה כאתר הגניזה של תושבי קומרן.
למרות מאמציהם, לא הצליחו הירדנים לשמור על המערות ובין עונות החפירה ביצעו שודדי עתיקות בדואים חפירות שוד משלהם. שודדים אלה גילו בשנת 1956 במערה 11 את מגילת המקדש, השלמה והגדולה שבמגילות קומרן, ומכרוה לסוחר עתיקות. מיד לאחר מלחמת ששת הימים רכש פרופ' י' ידין את מגילת המקדש מסוחר העתיקות, חקר ופרסם אותה. כפי שהזכרתי, האב דה-וו וצוותו ערכו סקר מקיף במערות בצפון מדבר יהודה, במהלכו גילו להם בדואים את שלוש המערות בואדי מורבעת, הוא חלקו העליון של נחל דרגות הנשפך לים המלח ליד קיבוץ מצפה שלם. בשנת 1953 נתגלו במערות ואדי מורבעת מגילות שונות. לראשונה נתגלו מכתבים הקשורים למרד בר כוכבא, שאף מזכירים במפורש את שמו של מנהיג המרד — שמעון בן כוסבה.
המחשבה, שהגילויים המסעירים בקומרן ובוואדי מורבעת אודות ההיסטוריה של עמנו נעשים בידי נוצרים ומוסלמים ומחוץ לתחומי מדינת ישראל, הדירה שינה מעיניהם של בכירי הארכיאולוגים בארץ. המרץ הבלתי נדלה של י' אבירם, מנהל החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה אז והיום, וקשריו של י' ידין, הביאו לביצועו של מפעל סקר המערות בדרום מדבר יהודה בשנים 1960 ו-1961. בן גוריון השתכנע בחשיבות המפעל והנחה את צה"ל לסייע להצלחתו. את הסקר ביצעו ארבע משלחות בראשותם של פרופ' נ' אביגד, פרופ' י' אהרוני, פ' בר-אדון ופרופ' י' ידין. הממצאים לא אחרו לבוא. במערה בנחל צאלים נחשפו קטעי פפירוסים רבים וקלף תפילין עתיק, ובנחל משמר התגלה מטמון כלי הנחושת מן התקופה הכלקוליתית.
בנחל חבר נחפרה מערת האימה, בה נתגלו ממצאים רבים מתקופת מרד בר כוכבא ושלדים רבים של אחרוני המורדים. במערת האיגרות שבנחל חבר נחשפו קטעי מגילות, אך בעיקר ארכיון של אנשי עין גדי שכלל צרור של חמש-עשרה תעודות של בר כוכבא ומכתביה האישיים של בבתא בת שמעון, שתרמו רבות להבנת חיי היום-יום בדרום יהודה ובעבר הירדן בתקופה שבין שתי המרידות. לבסוף, בחפירות הנרחבות שערך פרופ' י' ידין במצדה נתגלו בשטחי החפירה השונים מגילות ובהן חלקים מספרי בראשית, ויקרא, דברים, יחזקאל, תהילים, ספר בן סירא, ספר היובלות, וספר שירות עולות השבת.
אסיים ב'מבצע מגילה', אותו יזם וניהל א' דרורי בחודש נובמבר 1993. אנו, ארכיאולוגי רשות העתיקות, סקרנו מחדש את כל מצוק ההעתקים הצפוני במדבר יהודה. מגילות אמנם לא מצאנו, אולם חפרנו את מערת הלוחם וממצאים ארכיאולוגים נוספים שיפורסמו בקרוב. נותרה בנו האמונה והתקווה שיש עוד מגילות הטמונות באדמתו היבשה של מדבר יהודה ומצפות לגואל.