מגילות עבריות קדומות, שנתגלו באקראי בשוליו של מדבר יהודה בשנת 1947 על-ידי נער בדווי, עוררו התלהבות ציבורית נרחבת וגם עיסוק מחקרי רציני לאורכה של כמחצית המאה שחלפה מאז הגילוי הראשון. ריגוש זה מקורו במה שניתן ללמוד ממגילות ים המלח על תקופת הבית השני (520 לפסה"נ-70 לסה"נ), ובפרט על פרק-הזמן שמן המאה הב' לפסה"נ עד חורבן הבית השני בשנת 70 לסה"נ, שבמהלכו התחוללו התפתחויות רבות משמעות בגיבושן של הדתות המונותיאיסטיות.

מדבר יהודה, אזור שנודע בשממונו מאז ומתמיד, הניב אוצר בלתי צפוי. הנער הרועה הבדווי משבט תעמרה בוודאי לא שיער מה עתיד להתחולל, כשיצא לבקש עז תועה והגיע אל מגילות עבריות ספונות במערה, שמזה דורות איש לא פקד אותה. התגלית הראשונה הוליכה לתגליות נוספות, ובסופו של דבר נתגלו אחת-עשרה מערות שבתוכן נמצאו מגילות קדומות, ונחשפו גם שרידיו של היישוב הקדום בחורבת קומרן. בסביבתם של אתרים אלה – אזור קומרן (המישור המדברי ורצועת המצוקים שבקרבתו) וחורבת קומרן – נערכו למן שנת 1947 בדיקות לאין-ספור; לא נותרה במדבר אבן שלא הוזזה ממקומה בחיפושים, ולא חרך שלא נבדק; בחורבת קומרן נערכו חפירות מקיפות.

במכלול הממצאים הראשון, שגילו הבדווים במדבר יהודה, היו שבע המגילות הארוכות ממערה 1. היה זה זמן קצר קודם שפרצה מלחמת העצמאות, ומאורעות אותם ימים האפילו, מטבע הדברים, על ראשית המגעים לרכישת המגילות הללו. זמן קצר לפני ההכרזה על כינונה של מדינת ישראל עלה בידי א"ל סוקניק, פרופסור באוניברסיטה העברית, לרכוש בחשאי שלוש מן המגילות, שהיו ברשותו של סוחר עתיקות ערבי-נוצרי מבית לחם. ארבע המגילות האחרות הגיעו לידיו של מר אתנאסיוס ישוע סמואל, שכיהן כמטרופוליט של מנזר מרקוס הקדוש (סורי-יעקוביטי) בירושלים. בשנת 1949 הוא נסע לארצות הברית ועמו המגילות, אך חמש שנים חלפו עד שעלה בידו למצוא להן קונה.

במודעה, שפורסמה בעיתון האמריקני וול סטריט ג'ורנל ביוני 1954 מטעמו של מר סמואל, הוצעו למכירה "ארבע מגילות ים המלח". הדבר הובא לידיעתו של יגאל ידין, בנו של פרופ' סוקניק, שאך זה פרש מכהונתו כרמטכ"ל של צה"ל ושב לעיסוקו הקודם – ארכיאולוגיה. לאחר משא-ומתן ממושך, ובסיוע מתווכים, נרכשו ארבע המגילות מאת מר סמואל בתמורה לתשלום בסך 250,000 דולרים; כך היו עתה ברשותו של ידין אותן המגילות, אשר חמקו מידי אביו בעטיה של המלחמה. חלק מן הסכום האמור נתרם על-ידי ד"ס גוטסמן, פילנתרופ מניו-יורק; לימים סייעו יורשיו בהקמתו של היכל הספר שבמוזיאון ישראל, שבו מוצגים כתבי-יד ייחודיים אלה.

שבע המגילות ממערה 1, השמורות כיום יחדיו בהיכל הספר, הן ישעיהו א', ישעיהו ב', פשר חבקוק, מגילת ההודיות, סרך היחד, מלחמת בני אור בבני חושך ומגילת בראשית (אפוקריפון של בראשית); כולן כתובות עברית, למעט האחרונה, שלשונה ארמית. כל המגילות הארוכות ראו אור במהדורות מדעיות.

המערות. חלפה כשנה למן גילויין האקראי של המגילות הראשונות בשנת 1947 ועד שהוחל במחקר ארכיאולוגי שיטתי בחורבת קומרן. האזור השוכן מצפון לים המלח – מקומה של חורבת קומרן – היה בשלטון ממלכת ירדן עד יוני 1967. בחיפושים אחר שרידי מגילות עסקו בדווים, אשר פשטו על מערה 1 ועל סביבתה; בלא ספק אבד במהלך החיפושים הללו חומר יקר-ערך.

בראשית שנת 1949 אותר סוף-סוף האתר על ידי מחלקת העתיקות של ממלכת ירדן. ג' לנקסטר הרדינג, מנהל המחלקה, נטל על עצמו עריכת חפירה במערה 1, בשיתוף עם האב דה-וו, כומר דומיניקני צרפתי, שעמד בראש בית הספר הצרפתי ללימודי המקרא (Ecole Biblique) בירושלים. החפירות במערה, המרוחקת כקילומטר אחד מצפון לנחל קומרן (ואדי קומראן), הניבו כשבעים קטעי מגילות, בהם גם פיסות משבע המגילות שנתגלו בראשונה. גילויים אלה ביססו את ערכן האותנטי של המגילות שנרכשו בראשונה, שגילויין לא היה בידי ארכיאולוגים והקשרן הארכיאולוגי לא היה ברור. במערה נמצאו גם ממצאים אחרים, שסייעו לתיארוך המשוער של המגילות, כפי שהוצע במחקר הפליאוגרפי.

הבדווים המשיכו לעסוק בחיפוש מגילות עתיקות, שכן יריעות קלף אלה הוכיחו עצמן כמקור הכנסה נאה. החפירה הארכיאולוגית במערה 1 מיצתה את תכולתה, ולפיכך היה ברור, שחומר חדש, שהבדווים הציעו אז, משמעו, שמערה זו אינה יחידה באזור של מדבר יהודה, וכי מלבדה יש מערות אחרות ובהן מגילות.

השנים 1951-1956 צוינו בפעילות מואצת באזור, הן לשם איתורן של מערות והן בעריכת חפירות באתרים, שנחשבו כקשורים למגילות. רצועת המצוקים, שאורכה כשמונה קילומטרים, נבדקה בקפידה. באחת-עשרה מערות נמצאו כתבי-יד קדומים; חמישה מהם נתגלו בידי הבדווים, ושישה האחרים בידי ארכיאולוגים. חלק מן המערות היה עשיר בממצאים. במערה 3 נשתמרו שני גלילים מחומצנים של נחושת מרודדת – מגילת הנחושת, שתוכנם רשימה ארוכה של אוצרות טמונים, אמיתיים או דמיוניים – חידה צופנת אתגרים עד עצם היום הזה.

עתירת ממצאים במיוחד היתה מערה 4: נמצאו בה 15,000 קטעי מגילות בקירוב, ששרדו מתוך 600 חיבורים שונים לכל הפחות. האחרונה במערות, שבה נמצאו שרידי מגילות – מערה 11 – אותרה בשנת 1956; נחשפו בה יצירות ארוכות, בהן מגילת תהלים, תרגום לארמית של ספר איוב ומגילת המקדש, הארוכה במגילות מאזור חורבת קומרן (9.5 מטרים בקירוב). מגילת המקדש נרכשה על-ידי פרופ' יגאל ידין בשנת 1967, והיום היא מוצגת בהיכל הספר שבמוזיאון ישראל, ירושלים, לצד שבע המגילות שנתגלו בראשונה. כל שאר כתבי-היד, בין ארוכים למדי בין פיסות זעירות, שמורים בבניין מוזיאון רוקפלר בירושלים, משכנה של רשות העתיקות.

במשך הזמן הכיר האב דה-וו בצורך לאתר יישוב קדום באזור הקרוב למערות, שבהן נתגלו המגילות. עריכת חפירות ארכיאולוגיות באתר כזה היתה עשוייה לחשוף את צפונותיה של פרשה היסטורית מרתקת ולסייע בזיהוייה של הקבוצה, שהטמינה את המגילות במערות.

חורבת קומרן שוכנת בשוליו של מדבר יהודה, על שלוחת חוואר שטוחה וחשופה בין מצוק ההעתקים, הנמשך בקרבת החוף המערבי של ים המלח, לבין חוף הים. בחפירות נחשפו שרידיו של מכלול מבנים נרחב – 80 × 100 מטרים בקירוב – שהשתמר לגובה ניכר. חופרי האתר לא ייחסו למכלול זה יעוד צבאי או פרטי, כי אם נראה בעיניהם שהוא יועד למגוריה של חבורה. בקרבת מקום אותרו שרידי קבורות.

כלי החרס שנמצאו באתר היו כדוגמת הללו שנמצאו קודם לכן במערה 1, ובכך נתאשרה זיקתו של אתר היישוב למערות שבקרבתו. על-פי הממצאים, שנחשפו בעונת החפירות הראשונה, סבר האב דה-וו, שחורבת קומרן היתה מקום המקלט של כת האיסיים, שפרשו לחיות בצוותא במדבר; קיומה של כת זו נזכר בכתביהם של היסטוריונים קדומים. חברי הכת התגוררו בם במקומות קרובים לחורבת קומרן, ככל הנראה במערות, באוהלים ובמבנים, אולם הם היו תלויים למחייתם באתר של מרכז הכת, שסיפק להם אמצעים שונים לחיי היום-יום, בהם מזון ומים. בחפירות, שנערכו בשנים 1956 ו-1958 באתר הקרוב עין פשח'ה, הוברר, שכאן היה אזור העיבוד החקלאי של תושבי האתר בחורבת קומרן. הדוח המלא של תוצאות החפירות בחורבת קומרן עדיין לא ראה אור, אך מידע רב על אודות האתר ראה אור בפרסומים חלקיים.

גילויין של מגילות ים המלח עורר מחלוקת לוהטת בחוגי החוקרים באשר לזמנן ובאשר לזהותה של הקהילה, שבה חוברו החיבורים הקדומים.

פרופ' א"ל סוקניק, שקבע תחילה את זמנן של המגילות לימי הבית השני, הבחין במשמעותן המיוחדת והעלה את הסברה – שכיום היא מקובלת על רבים – שאלה הם שרידיה של ספריית כת האיסיים. כשסברה זו הוצגה בראשונה התייצבו נגדה בתוקף רב חוקרים אחדים, אשר הטילו ספק הן בקדמותן של המגילות והן באותנטיות של היצירות.

בקרב החוגים המשכילים עדיין לא פג רושמה הקשה של השערוריה משנת 1883, אשר נודעה כ'פרשת שפירא'. מ' שפירא, סוחר עתיקות ירושלמי, הודיע ברבים על דבר גילוי נוסח קדום של ספר דברים. הכתבים שהיו ברשותו של שפירא, שנטען שנכתבו על חמש-עשרה יריעות עור, עוררו עניין רב באירופה ואפילו הוצגו במוזיאון הבריטי. זמן קצר אחר-כך הוקיעו חשובי החוקרים באירופה דאז את הכתבים הללו כזיופים ותו לא.

עמדת החוקרים כיום באשר לזמנן של המגילות ובאשר לרקען ההיסטורי והתרבותי מעוגנת בממצאיהם של מחקרים שונים – היסטוריה, פליאוגרפיה ולשון – הזוכים לאישוש ברור בתיארוכים הנקבעים בבדיקות פחמן-14. מגילות אחדות נכתבו והועתקו במאה הג' לפסה"נ, אך רובן המכריע, ובפרט הללו המשקפות אמונות ואורחות-חיים של כת מתבודדים, הוא כתבי-יד מקוריים או העתקות מן המאה הא' לפסה"נ; כתבים אחדים זמנם מאוחר, מן השנים שקדמו לחורבנו של היישוב בחורבת קומרן בשנת 68 לסה"נ בידי הלגיונות הרומיים.