חפירה ארכיאולוגית בישראל מותנה בקבלה של רישיון מתאים מטעם רשות העתיקות וזאת מתוקף חוק העתיקות (התשל"ח 1978). רישיון לביצוע חפירה ארכיאולוגית ניתן לארכיאולוג מוסמך, בעל ניסיון, ולמוסד מדעי שעניינו ארכיאולוגיה, ואשר התחייב לקבל על עצמו את האחריות המדעית, המנהלית והכספית של החפירה. החפירה הארכיאולוגית היא פעולה שראשיתה חפירה בפועל בקרקע, והמשכה בפעילויות שונות הקשורות בעיבוד הממצאים. היא מסתיימת בפרסום הדיווח המדעי המתאים.

מנהל  רשות העתיקות מעניק רישיון לחפירה לאחר התייעצות בוועדת הרישיונות, שהיא וועדת משנה של המועצה לארכיאולוגיה. חפירות ארכיאולוגיות יזומות בישראל נערכות מסיבות של מחקר מדעי בידי ארכיאולוגים מטעם מוסדות מחקר בישראל לרבות רשות העתיקות, וכן מטעם מוסדות מחו"ל.

כמו כן נערכות חפירות הצלה בהתאם לצרכי הפיתוח של הארץ וחפירות של פיתוח אתרי עתיקות מרכזיים לצרכי תיירות. המפעלים הגדולים שבהם נערכו חפירות בשנים האחרונות הם בירושלים (ליד הר הבית ועיר דוד), בית שאן, ציפורי, קיסריה, עכו, מראשה - בית גוברין וחצבה. וכן חפירות יזומות בעבדת, מצודת אשדוד, מצודת הבונים, ובערים ההיסטוריות: רמלה צפת, טבריה, ושפרעם.