התכנית מצטיינת בפרופורציות נאות ובבנייה מרשימה ומונומנטאלית. מספר תנאים הכתיב התורם רוקפלר, ובהם החובה לשמור על שני אלמנטים הקיימים בשטח: עץ האורן העתיק של השיח' אל-חלילי והבית הדו-קומתי קצר אל-שיח'. בניין המוזיאון בנוי על-פי תכנית כמעט סימטרית. צירו המרכזי עובר מעץ האורן שמאחורי הבניין דרך החצר המרכזית אל עבר שער הכניסה הראשי. סביב החצר המרכזית מסודרים אולמות התצוגה ומשני צדי אולם הכניסה הראשי יוצאות שתי זרועות אלכסוניות: באחת נמצאת הספרייה ובשנייה - אולם הכנסים. חדרי המנהלה והמשרדים נבנו בטורים היוצאים חוצה מהחללים המרכזיים של הבניין, לאורכם של מסדרונות צרים וארוכים - חלקם שימש חדרי לימוד ואוספים. בנקודת המפגש של אולם הכניסה הראשית עם כנפי הבניין בנויים חללים מתומנים שבצלעותיהם גומחות לתצוגה של חפצים גדולים.