רשות העתיקות אבלה על מותו בטרם עת של מנהלה לשעבר, אמיר דרורי הרעיון להציע לארכיאולוג והאלוף בצה"ל לנהל את אגף העתיקות הוצע במקביל בידי מספר עובדים ברשות העתיקות כבר בשנת 1986. פנינו לאמיר באמצעות יורם צפריר, (חברו הטוב עוד מימי משלחת החפירות במצדה), והצענו לו את ההצעה. אמיר דחה את ההצעה בנימוס באומרו שבכוונתו להמשיך בקידום במסלול הצבאי, ואכן הוא מונה לסגן הרמטכ"ל. כאשר נבחר דן שומרון לרמטכ"ל אמיר עזב את הצבא ונסע ללמוד באנגליה. פנינו אליו שנית והצענו לו לנהל את האגף, ובמקביל פנינו לשר החינוך דאז, יצחק נבון, שיקבל החלטה למנות את אמיר כמנהל על מנת להעלות את קרנו של אגף העתיקות ולחזקו. יצחק נבון שמח למהלך, אמיר ויתר על לימודיו, חזר לארץ, ומונה מיד כמנהל האגף. (באותם הימים כבר סיים אבי איתן לנהל את האגף וזאב ייבין מונה לממלא מקום זמני). אמיר קיבל אגף עתיקות קטן, בו עבדו 55 עובדים, ויחד עימו גם את "האגודה לסקר ארכיאולוגי של ישראל" ובה כ- 200 עובדים. כבר בתחילת דרכו כמנהל חיפש אמיר דרך לשינוי מבני ולאיחוד בין האגף והאגודה. הפתרון הטוב ביותר שאומץ בידי אמיר היה להפוך לרשות ממלכתית. על-מנת ליישם זאת היה צורך בחקיקה מתאימה בכנסת – אמיר נרתם לכך ובתוך פרק זמן קצר הצליח במה שלאחרים לוקח שנים, לחוקק חוק חדש בכנסת ולהקים רשות חזקה ועצמאית ארגונית ותקציבית. הקמת הרשות לוותה בשינוי ארגוני ומבני שלווה בידי חברת מומחים חיצונית ונתמך בידי מינהל התרבות במשרד החינוך כשאמיר מנצח על המלאכה... המחוזות אוחדו למרחבים, אורגנו התחומים המקצועיים, אורגנה היחידה למניעת שוד והיחידה לארכיאולוגיה ימית, והוקם תחום גדול וחזק לשימור.
רשות העתיקות גדלה והתחזקה תחת שרביטו של אמיר, תקציביה עלו והכנסותיה מפרויקטים עלו בסדרי גודל, בד בבד עם גידול במספר העובדים שבשנת 1995 הגיע לשיא - מעל 600 עובדים.
איש ענק, תרתי משמע, היה אמיר. מנהל כריזמאטי, צנוע, בישן, שתקן (בשנותיו הראשונות ברשות) ודברן (בשנותיו המאוחרות ברשות), חרוץ, ויעיל מחד, אך עיקש ובלתי מתפשר מאידך. אמיר לא התפשר עם עיקרון מקודש: לא ישוחרר שטח לפעולת פיתוח ללא חפירה טוטאלית של כל מה שייהרס. הוא התנגד לסיווג אתרים ולקביעת מדיניות באשר לאתרי העתיקות המרכזיים מתוך אמונה שסיווג אתרים יחליש את העמדה הבלתי מתפשרת של הרשות באשר לסמכויותיה שעל פי דין. אמיר התפרסם בהתנגדותו הנחרצת לכל פשרה עם ארגון אתרא קדישא בכל הקשור לחפירת קברים, ועל זה זכה 'בעיטור הצטיינות' בדמות פולסא דנורא מחלק מהציבור החרדי.
אמיר חי ונשם ארכיאולוגיה והוא היה ארכיאולוג בכל רמ"ח איבריו ושס"א גידיו. כל מעשיו והחלטותיו התקבלו תוך אמונה שלמה שהוא פועל לטובת הארכיאולוגיה הישראלית, גם כאשר הדבר נעשה בניגוד לטובת הרשות ועובדיה, ובכך קומם עליו לא פעם את דעת העובדים והמנהלים ברשות.
גולת הכותרת בפעילותו קשורה במגילות הגנוזות. כבר בראשית דרכו מינה צוות מומחים ישראלי לסיים את מחקר המגילות ופרסומן, ואנו שמחים שהוא היה עד, ואף השתתף, בטכס סיום פרויקט פרסום המגילות בבית נשיא המדינה. הוא השקיע משאבים ומחשבה רבים בשימור המגילות והאמין בקיום מגילות נוספות שלא נתגלו במדבר יהודה, ויזם את "מבצע מגילה" לחיפוש מגילות במדבר.
אמיר עזב את הרשות לאחר שמינויו לקדנציה שלישית כמנהל הרשות אושר, אולם הקשר שלו עם הארכיאולוגיה הישראלית נמשך בהשתתפות בסיורים ובכנסים מדעיים. בשבת ה- 12 למרץ 2005, בעת טיול בגבי חוה בנגב, נדם ליבו של אמיר והוא הלך לעולמו.
אמיר דרורי חי זקוף ומת זקוף – יהי זכרו ברוך.