האתר מגדל, בצדה הצפוני- מערבי של הכנרת, לרגלי הרי הגליל התחתון, נקרא על שם מגדל שהיה בו ושימש להגנת היישוב. מגדל, או בגרסה הארמית מגדלא, נזכרת במקורות היהודיים. היא התפרסמה בתקופת המשנה והתלמוד, במאות הא' עד הד' לסה"נ. בסוף ימי הבית השני מגדל היא מרכז מנהלי של אגן הכנרת המערבי. עד להקמתה של טבריה, בשנת 19 לסה"נ הייתה מגדל המרכז היחידי בחוף הכנרת. מן החפירות הארכיאולוגיות שנערכו במגדל עולה, כי ראשית ההתיישבות במקום הייתה בתקופה ההלניסטית והיא נמשכה ברצף עד לתקופה האסלאמית הקדומה. מהתקופה הצלבנית נמצאו עדויות לתעשיית סוכר במרכז האתר.
במגדל עברה דרך, בתוואי הכביש של ימינו. שטח החפירה הנוכחית בצפון האתר, סמוך מאוד לכנרת, בדלתא של ואדי חמאם, מקום מוצאו של הוואדי לכנרת. בחפירה נחשפו השוליים הצפוניים של היישוב ובהם מבני מגורים, מבנה מחסנים, מבנה ציבורי וסמטה. בשטח החקלאי נחשפו תעלת ניקוז בנויה, שניקזה את מי השיטפונות של ואדי חמאם ובריכת מים בנויה.
שכונה צפונית זו התאפיינה במבנים בנויים אבני בזלת, שמהם נחשפו היסודות או הרצפות. נמצאו כלי טחינה ומשקולות דיג המעידים על כלכלת התושבים בשכונה זו. בצדה המזרחי של החפירה נחשפה קומה תת- קרקעית של מבנה גדול מחולק לחדרים קטנים ונראה כי אלו שימשו מחסנים, אולי לנמל שהיה בקרבת מקום. במרחק מה מצפון למבני המגורים נחשפה תעלת ניקוז בנויה שכיוונה מערב–מזרח והיא שימשה כנראה לניקוז מי הגשמים והשיטפונות של ואדי חמאם.
בריכת מים עגולה ומטויחת היטב ששימושה אינו ברור נחשפה גם היא סמוך לכנרת.
בצדה הצפוני-מערבי של השכונה הצפונית נחשף מבנה ציבורי שזוהו בו שני שלבים. המבנה בנוי שלושה חדרים: חדר מרכזי, אליו צמוד מדרום חדר קטן וממערב חדר מבואה. בשלב הראשון נבנו בחדר המרכזי של המבנה שני סטילובטים, ובשלב המאוחר שלו נוסף מסדרון, שהקיף את החדר. לחדר רצפת פסיפס, שעליה נבנה ספסל צמוד לקירות שטויחו בפרסקו צבעוני. במרכז החדר הוצבה אבן רבועה בת ארבע רגלים, עשויה גיר ומעוטרת בכל צדדיה. בצדה הצפוני עיטור מנורה בת שבעה קנים שבסיסה משולש. גם בחדר המבואה נבנו בשלב המאוחר ספסלים סביב הקירות.
נראה כי זהו מבנה בית כנסת: מבנה התכנסות שלו חדר מבואה ששימש ללימוד, חדר התפילה וחדרון צדדי, שאולי שימש לאכסון המגילות. על פי ממצא כלי החרס, ניתן לתארך את שני השלבים של המבנה לראשית התקופה הרומית.
בתקופה זו עדיין פעל בית המקדש בירושלים והיה מרכז ההנהגה, הדת והרוח של העם היהודי.
נראה אם כך כי זהו מבנה בית הכנסת הקדום ביותר שנמצא עד כה בגליל, השביעי מתקופה זו שמוכר בארץ. במרכז המבנה הוצבה אבן מעשה ידי אומן, שכנראה הכיר את המנורה שהייתה מוצבת בבית המקדש בירושלים, והשתמש בה לעיטור האבן. נראה כי המבנה המפואר יחסית, שהושקעו בו מאמצים, תשומת לב, מחשבה וכסף, שלא כמו שאר המבנים שנחשפו בשכונה זו, עשוי ללמד גם על הקהילה שבנתה אותו ועל העומד או העומדים בראשה.