עם השלמת חשיפת התאטרון המלכותי במדרון הצפון מזרחי של הרודיון, התפנתה משלחת החפירות, מטעם המכון לארכיאולוגיה של האוניברסיטה העברית, לעבוד בארמון מבצר ההר, ובראש ובראשונה, לייצוב ושימור כל הקירות, קטעי הטיח והרצפות ושדרוג חזות ההר, לקראת הגברת מספר המבקרים באתר.
החפירות הארכיאולוגיות המרכזיות נערכו כאן בשנים 1962-67 על יד בית הספר הפרנציסקני למקרא, בירושלים. האתר הוכן לביקורי קהל על ידי רשות הגנים הלאומיים בשנים 1967-9 (בפיקוח גדעון פרסטר שגם יזם מספר בדיקות) וכן נערכו בו חפירות מצומצמות שעה שנחקרה מערכת המנהרות מימי בר-כוכבא בידי משלחת האוניברסיטה. כעת, מקיפות עבודות השימור את כל המבנה העגול, וכך מתאפשר למשלחת גם לערוך בדיקות ארכיאולוגיות בכמה נקודות ולהרחיב את המידע אודות המבנה הייחודי ותולדותיו.
חידוש משמעותי נוגע לאולם הטרקלין, אשר בימי המרד הראשון ברומאים הפך לשמש כבית כנסת. בבורות בדיקה שנערכו בכמה מחלקי האולם הסתבר כי במקור ניצבו בתוך האולם שלושה טורי עמודים (בצפון, במערב ובדרום), במרחק של כ 1- מ' מקירותיו, שתמכו בוודאי בתקרה מוגבהת שנועדה לאפשר שילוב חלונות עיליים, לשם שיפור התאורה באולם. סידור זהה של עמודים מוכר מטרקליני הארמונות הראשון והשלישי, שהורדוס בנה ביריחו. המורדים פרקו את התקרות והעמודים, בנו ספסלים, ודאגו להצללה מינימלית על היושבים באולם, כעדות ארבע עמודים שהציבו ללא כל קשר לעמודים המקוריים.
הבדיקות בטרקלין גם העלו פרטים חשובים על עיטורו של האולם המקורי שרצפתו, במקורה, הייתה מכוסה באריחי אבן צבעונית וקירותיה בפרסקאות. מסתבר כי מתחת לספסלי בית הכנסת נותרו עדין, כמעט בשלמותן, טביעות האריחים שנשדדו המצביעות על מספר דגמים וגדלים שונים של מרצפות. גם את דגמי הפרסקאות, בצבעי אפור, אדמדם וצהוב, ניתן יהיה לשחזר בחלקן על פי השרידים שנחשפו.
בסמוך לבית הכנסת חשפה המשלחת הפרנציסקנית בית מרחץ קטן של המורדים. בית המרחץ נחשף מחדש לשם שימור והצגה לקהל. הסתבר כי מתחת לאמבטיה שהתקיימה בו (המטויחת בטיח הידראולי) הסתתר מיכל מים גדול, עגול עם חתך בקבוקי. תפקידו עדין לא התברר. הניקוי בקטע זה חשף מחדש כניסה אל בור מים (כ- 10*4 מ') שנתגלה כבר על ידי הפרנציסקנים, בור שקדם להקמת ארמון המבצר העגול. בור זה וגם "בור הביניים" המצוי מתחת לארמון ובסמוך לכניסה אליו, נחצבו באותו שלב; בניגוד לבור הסמוך לבית המרחץ של המורדים, שיצא מכלל שימוש עם הקמת הארמון, בור הביניים שולב במערכת המים של הארמון. נתונים חדשים עלו גם בעת סקר ומדידות שנערכו בסיוע המלח"ם במרתפי הבניין העגול. המחקר כאן עדין לא הסתיים אך אין ספק כי אנשי המרד השני ברומאים הותירו את חתימת ידם גם כאן. מעבר לשימור החיוני ולשיפור החזותי, תולדות המבנה הייחודי יהיו עשירים ומגוונים יותר עם המשך העבודה באתר.
לשדרוג האתר שותפים המועצה האזורית גוש עציון, רשות הטבע והגנים, משלחת החפירות והחברה הממשלתית לתיירות של משרד התיירות (החמ"ת) שהמימון ניתן באמצעותה. את העבודות על ההר מרכז, מטעם המשלחת, רועי פורת. בעבודות השימור מסייעים ניסן בר נתן והמהנדסת ליליה צ'כנוב.