אחד המאפיינים העיקריים של חורבת קומראן הוא מערכת המים המורכבת והמיוחדת של האתר. מקור מימיה של מערכת זו היה ממי שטפונות של נחל קומראן. אמת מים באורך של כמה מאות מטרים הובילה את המים אל האתר ושם פיזרה אותם באופן מושכל בין בריכות המים ששימשו גם כמקוואות. באתר יש 10 בריכות כאלו בגדלים שונים וכולן מטוייחות בכמה שכבות של טיח עבה.
שיני הזמן מכרסמות בטיח ואנו נערכנו לפרוייקט נוסף של שימור באתר הכולל בעיקר את שימור הטיח. על המלאכה מנצח המשמר ניסן בן נתן והעבודה נעשית בסיוע מחוז יו"ש של רשות הטבע והגנים ומנהלו אסף גוטפלד, מנהל המרחב אמיר אלוני ומנהל האתר יעקב דהאן.
הנחיות מקצועיות ניתנות על ידי האדריכל זאב מרגלית והח"מ.