אתר גבעות אטון נמצא שלושה קילומטרים מערבית לעיר נתיבות, על הגדה הצפונית של נחל בוהו. באתר נחפר שטח שגודלו 1.5 דונם. אופי הבניה באתר ופעילות חקלאית אינטנסיבית באזור קבעו מצב השתמרות ירוד של הממצא.
בחפירה נחשפו שרידים של ישוב כפרי מן התקופות הביזנטית (מאה ה' – ראשית המאה ה-ז' לסה''נ) והאסלאמית הקדומה (המאה ח' לסה''נ). נמצאו שרידי שישה מבנים, סמטה, 2 בורות מים, טבונים, מחצבות לס ובורות אשפה רבים.
כל המבנים באתר נבנו על ציר שכיוונו הכללי צפון-מערב – דרום-מזרח. קירות המבנים נבנו מלבני בוץ לא צרופות. בבסיסם של מרבית הקירות נמצאו תעלות יסוד שמולאו בשברי גוף של קנקנים. בנוסף נמצאו מספר קירות שהושתתו על בסיס של שורה אחת של אבני כורכר קטנות וסיגים, שמקורם בבית יוצר סמוך. קירות המבנים טויחו בטיח בוץ או בטיח לבן.
תוצאות החפירה, סקרים ובדיקות שונות שנערכו באתר, מאפשרים לעמוד על תהליכי ההתפתחות של הישוב לאורך זמן קיומו. נראה כי הישוב התחיל מישוב כפרי קטן של מספר בתי אב, שכלכלתו התבססה בעיקר על חקלאות וייצור כלי החרס (שכבה 3 באתר). בסוף המאה ה-ו' לסה''נ גברה חשיבותה של תעשיית כלי החרס בכלכלת היישוב שהביא, ככל הנראה, לסגסוג כלכלי וכתוצאה מכך לגידול באוכלוסייה והרחבת הישוב (שכבה 2 באתר). במחצית המאה ה-ז' לסה''נ, עם כניסת האסלאם וכנראה כתוצאה מכך, ננטש היישוב. בסוף התקופה האומאית (מחצית המאה ה-ח' לסה''נ) חודשה ההתיישבות במקום לפרק זמן קצר ובהיקף הרבה יותר מצומצם (שכבה 1 באתר).