אתר יפתחאל נתגלה ונחפר בחלקו בראשית שנות השמונים של המאה שעברה כשסללו את הכביש החדש המחבר בין צומת אלונים לצומת המוביל. החפירות הישנות חשפו התיישבות מתקפות הברונזה הקדומה מעל שרידי יישוב גדול מהתקופה הניאוליתית הקדם קיראמית ב'.
לאחר שהוחלט לחדש את העבודות להקמת המחלף, החלה רשות העתיקות לבצע את חפירות ההצלה באתר כדי לאפשר לחברה הלאומית לדרכים (מע"צ) הקמת מחלף בצומת המוביל. בנוסף לחמשת השטחים שנחפרו בעבר (E–A) נפתחו ארבעה שטחים נוספים: שטח I בחלקו הצפוני של האתר, שטח H ושטח F במרכזו והרביעי, שטח G, נמצא בחלקו הדרומי. תוצאות החפירות החדשות כוללות תגליות וחידושים רבים שיש להם השפעה רבה על חקר האתר והשלכה על חקר הניאולית בדרום הלבנט. מבין החידושים הבולטים: חשיפת שתי תרבויות מהתקופה הניאוליתית הקיראמית (יריחו IX וואדי רבה) שהתקיימו באתר ושרידיהם נחשפו בין היישוב העליון של תקופת הברונזה הקדומה א' לבין ההתיישבות הניאולית הקדם קיראמי ב'.
האתר בתקופה הניאוליתית הקדם קיראמית ב' היה גדול מכפי שסברו קודם וגודלו נאמד בשמונים דונם בהם הייתה התיישבות צפופה. חשיפה נרחבת של מבנים מרוצפי טיח מקדמת את הבנת אדריכלות התקופה והארגון הפנים-יישובי. לחלק מהמבנים היה אופי ציבורי/קהילתי ותוכניתם השתנתה במשך הזמן, כפי שעלה מחשיפת שבעה שלבי בניה עוקבים בשטח I. בשלבים השונים שימשו רצפות טיח וחשיפתן חידדה את הבנת ההמשכיות והשינוי של טכניקת הבניה בתקופה הניאוליתית הקדם קיראמית ב'.
הקבורות הרבות, כולל גילויין של שלוש גולגלות מכויירות יחד עם קבורה טקסית של חיות ואלמנטים ארכיטקטוניים ייחודים אחרים, מעידים על כך שבאתר התקיימו חיי חברה ופולחן שוקקים. ממגורות הזרעים, כמויות הצור האדירות שסותתו בטכנולוגיה נביפורמית, ומגוון הממצא שמקורו ממרחקים מעידים על כך שהיה זה אתר מרכזי בתקופה הניאוליתית הקדם קיראמית ב', בו ייצרו לא רק לצריכה מקומית אלא גם לסחר חליפין.