במשך יותר מעשור נערכו חפירות אינטנסיביות לאורך הטיילת של יפו, כיכר השעון ושוק הפשפשים, כמו גם חפירות נקודתיות בואכה לב התל הקדום, שנחקר באופן אינטנסיבי בעשורים קודמים. משהועברו משרדי משטרת ישראל ממתחם הקישלה, ומכירתו ליזם פרטי לשם הסבתו למלון נוצרה לראשונה הזדמנות למחקר מקיף גם במכלול הקישלה, מתחם משטרה ובית מעצר פעיל מאז בנייתו בשלהי המאה ה-19.
החפירה נפרשה על פני שבעה חודשים במשך שנת 2007 והניבה מידע חשוב נוסף על התהליך המחזורי שבו תקופות של התפשטות אורבאנית לעומת שלבים של התכנסות בגבולות התל העתיק. כפי שמתברר, פריחתה המסחרית של יפו והתייצבות מצבה הביטחוני בתקופת בית תלמי ובתקופה הצלבנית התבטאה בהתרחבות שטחה הבנוי למישורים שמצפון-מזרח לתל. לעומת זאת נסוגה יפו אל תילה בתקופות הסלווקית והרומית. תמונה זו, המתקבלת מחפירות השטח בו פועל כיום שוק הפשפשים, משתקפת גם במתחם הקישלה.
מימד היסטורי מיוחד שנחשף בחפירות הקישלה הינם שרידים מרשימים של ביצורי שהעיר משלהי המאה ה-18 ותחילת ה-19, תקופה בה עברה יפו טלטלות פוליטיות וצבאיות עזות. יותר מכל הותירו את חותמם הכיבוש ההרסני של נפוליאון במרס 1799 ומאמצי הבניה וההתחדשות בעקבות נסיגתו חודשיים לאחר מכן. השפעת התמורות שחלו בעקבות אירועים אלה על המכלול הארכיטקטוני של גבולה הצפון-מערבי של העיר ניכרות גם בתוואי העיר המודרנית.