יפו היא אחת הערים העתיקות ביותר בישראל ומשנת 1948 נערכו ביפו חפירות ארכיאולוגיות שונות באזורים שונים. בשוליים המזרחיים של העיר העתיקה לא נערכו חפירות ארכיאולוגיות עד לאחרונה וכך רק באמצע שנות ה 90 התברר שגם באזור זה יש שרידים ארכיאולוגים מתקופות שונות.
באוקטובר 2002 התחילה עיריית ת"א (המישלמה ליפו) בשיתוף משרד התיירות בביצוע פרויקט שיקום ושיפוץ שוק הפשפשים וככר השעון ביפו. במסגרת הפרויקט התחילו חפירות ארכיאולוגיות מטעם רשות העתיקות בניהול המחברים ובעזרתם של אלי הדד, עמית ראם ופיטר גנדלמן.
בשלב הראשון נחפרו רוב הרחובות בשוק הפשפשים ובשנתיים האחרונות נבדקו במסגרת הפרויקט רחוב רבי חנינא ורחוב רבי פנחס, שניים מהצירים המרכזיים של שוק הפשפשים ואזור ככר השעון.
זהו המחקר הארכיאולוגי הראשון אשר בודק באופן שיטתי אזור זה של יפו וההרצאה תציג תוצאות ומסקנות ראשוניות. במהלך החפירות התברר כי האזור שבין רחוב יפת לרחוב יהודה מרגוזה היה מיושב כבר מהתקופה ההלניסטית והתגלו שם שרידים ארכיאולוגים מתקופה זו ומהתקופות הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית והעותומאנית.
בתקופה הביזנטית האזור שימש כ"אזור תעשיה" לייצור יין ומוצרים אחרים הקשורים ליצוא מנמלה של יפו. בחפירות נתגלו מספר גתות יין, מתקני ייצור צבע ומתקנים תעשייתיים אחרים. בתקופה האסלאמית אזור זה המשיך לשמש כ"אזור תעשיה" אך בצורה מופחתת. האוריינטציה האחידה של מבנים שונים ששרידיהם התגלו במהלך החפירות והמתוארכים לתקופה הצלבנית, מעידים על רמה גבוהה של תכנון עירוני בתקופה זו.
ניראה כי ביפו, בדומה לערים צלבניות אחרות כמו למשל עכו, התקיימו שכונות שונות השייכות לקבוצות הצלבניות השונות. יפו הצלבנית נהרסה לגמרי ע"י הממלוכים ואזור שוק הפשפשים נישאר נטוש עד תחילת התקופה העותומאנית. במשך תקופה זו האזור שימש לחקלאות ועל כך מעידים בארות, תעלות השקייה, בארות מים ובתי חווה שנתגלו במהלך החפירות. מאוחר יותר באותה תקופה נבנה השוק. עם זאת, רק בתקופת המנדאט הבריטי קיבל השוק את צורתו כפי שהוא היום.